רבנו נולד בב' שבט תקע"ו לאביו הגאון רבי צבי הירש זצ"ל, תחילה רבנו למד רבנו למד אצל אביו וכאשר התייתם מאביו עבר ללמוד אצל גדולי אותו דור והוסמך לרבנות על ידי המשכנות יעקב מקרלין ועל ידי רבי אבלי פאסוולער ראב"ד וילנא, שבירך אותו באריכות ימים ואכן רבנו נלב"ע בגיל 94 בכ"ט אב תרס"ט, אמנם רבנו אמר שחבל שלא ביקש ברכה לחיים טובים, כיון שעבר סבל רב בחייו,
בבר מצוה של רבנו הוא התארס עם ביתו של רבי שמעון שפירא מקיידאן, אך הזיווג לא עלה יפה, ולמרות שהוצעו לרבנו הצעות מעולות, הוא סירב לשמוע מהם כל עוד גרושתו לא תתארס, כל אותו הזמן המתין הצדיק רבי יוסף זונדל סלנט זצ"ל לרבנו שיאות לישא את ביתו, ולמרות שרבנו התארס, וגם אחר שהתגרש הוצעו לרבנו הצעות עם ממון רב, שרבי זונדל לא היה יכול לעמוד בזה, ולמרות הכל נשאר רבי זונדל בבטחונו העז כי הוא לבסוף יזכה ברבנו לחתן, כפי שאכן אירע לבסוף, רבנו נישא, והיה לחתנו של רבי זונדל סלנטר, מזיווג זה נולדו לרבנו בנו יחידו רבי בנימין בינייש שנודע כת"ח ומסר שיעורים בביהמ"ד נחמת ציון ובד בבד עסק בגאולת קרקעות במסי"נ מהערבים עבור כלל ישראל, ובדמי ימיו הסתלק רבי בייניש בי"ט תשרי שאז חל בשבת, לא רצו לומר את זה לרבנו בשבת, אבל רבנו בחכמתו קלט את העניין, ומיד אחר הבדלה פרץ בבכי, והיה שבור מאוד מהסתלקות בנו יחידו, שהכל תלו בו תקוות, רבנו אמר שהוא נפטר ביא"צ של הגר"א כיון שנשמתו הייתה בבואה של הגר"א, והוא השלים את הגר"א במה שהתאוה מאוד לזכות למצות ישוב וגאולת הארץ. גם חמיו של רבנו רבי זונדל היה נוהג לסובב סביבות ירושלים לראות את הבניינים החדשים לקיים מה שכתוב "וראה בטוב ירושלים",
לפלא הדבר שרבנו שעלה ארצה בגיל כ"ב התמנה מיד לרבה של ירושלים למרות שהיו בה גאוני עולם, כמו למשל רבי מאיר אויערבך מקאליש האמרי בינה שבכל יום שישי היה נוהג ללכת למקוה ואחר בכך לעלות לחצר רבנו בחורבה, לדבר עימו משך שעתיים בלימוד, עד זמן כניסת שבת, כמו כן הודפס הספר תורת רבנו שמואל סלנט, שבו רבנו השיב תשובות לגאוני עולם כהחידושי הרי"ם הבן איש חי שכתב לרבנו שבע שורות שבחים ושאל בענייני ריבית, הנצי"ב מוואלוזי'ן הנפש חיה, ועוד.
רבנו למרות שהיה מנהיג קהל פרושים היה בקשר חזק עם גדולי החסידים, בצעירותו כתפו כאבה לו, ובא להשר שלום מבעלזא ששם את ידו על כתף רבנו ומאז עבר כל הכאב, כמו כן התאחסן בבית ידיו החידושי הרי"ם וכשראו החסידים שרבנו מביט במראה לראות אם התפילין במקום, הלשינו על זה להחידושי הרי"ם שהפטיר לו מותר, פעם באמצע דיבורו בלימוד עם החידושי הרי"ם, התנל החידושי הרי"ם שהוא צריך להפסיק כדי להתפלל שחרית, אמר לו רבנו הרי כבר מאוחר, ענה החידושי הרי"ם שלמד בלילה עד מאוחר, אמר רבנו תישנו מוקדם ואז תקומו מוקדם, ענה החידושי הרי"ם מי אמר שאקום מחר, כל זמן שיכולתי ללמוד למדתי.
פעם עלה לרבנו אחד מאנשי ירושלים וביקש מרבנו להכריז חרם על קניית הדגים עד שירדו המחירים, אמר לו רבנו לפלא אני עליך שאתה חסיד קרלין, והרי הבית אהרון כותב על דגים בשבת דברים מופלאים, היאך אתה מוכן לוותר על זה, למי שהתלונן שהיה לו כאב עיניים אמר רבנו שילמד בספר מאור עיניים, וכך הוה והלה הבריא.
על פיקחותו של רבנו הסתובבו בירושלים סיפורים מבהילים, בין השאר על החתן הטרי שרצה להתגרש, כיון שמצא באוכל בפח חיטים, ביקש ממנו רבנו שיביא לו את השטרייימל שלו וניערו, ולפתע נפלו ממנו חיטים, והתברר שנשאר עליו חיטים כיון שאז היה מנהג לזרוק על החתן חיטים, וכשהוא אכל בפסח והתכופף לאוכל, נפל לו מהשטריימל חיטים.
רבנו מסר נפשו על השכנת שלום בין איש לאשתו, פעם הגיע זוג שהיה נחוש להתגרש, ולא היה מה לדבר על ליבם, אמר רבנו בא ניגש לסידור הגט, מה שם האשה?ונענה ראטשקה, רבנו ענה מעולם לא שמעתי שם זה, ואיני יודע איך לכותבו, כיון שזה לא מוזכר בפוסקים, ענו הזוג שהשם הוא באמת רייצה, אלא שבמשך הזמן שם זה השתקע, והחלו לקרוא לה ראטשקה, ענה רבנו אם כן שובו לביתכם ובמשך שלושים יום יקרא לה הבעל רייצה כמובא בשו"ע, ומאז לא שבו אל רבנו.
היה קמצן גדול בירושלים שהיה לו הון רב, אך לא הועילו כל הבקשות והלה סירב לתרום לבני ירושלים העניים, כשנפטר השאיר צוואה לקבור את כל הונו עימו, שאלו את רבנו כדת מה לעשות, ענה רבנו הניחו לו צ'ק בקברו על כל הסכום, ואת הכסף חלקו לעניים ולמוסדות עץ חיים שאותם הקים רבנו שבהם מתחילים בני ירושלים ללמוד מגיל א' ב' עד זקנה ושיבה.
היה יהודי נכבד בירושלים שחשקה נפשו ליסוע לאמריקה, ורצה שהועד הכללי יעזור לו בהוצאות הנסיעה, ניגש לרבנו, ענה לו רבנו שכשבאים אליו בשאלה קשה הוא אומר לשוב למחרת, כיון שאז הוא מכון בתקננו בעצה טובה מלפניך, אבל אתה אדם חכם תכון לבד בתקננו בעצה טובה, למחרת בא אותו יהודי ואמר כיונתי ויצא לי שצריך לסייע לי, ענה לו רבנו וכי יש בועד כסף ללא הגבלה, אם בא יהודי שצריך עזרה, אני מכון בתקננו בעצה, ואז אני אומר רבש"ע אם עזרת לי בזה, תעזור לי גם והושיענו למען שמך, שיהיה לי כסף לאותו יהודי, אבל אתה יכול הרי לכוון לבד בתקנננו בעתה תכוון גם בהושיענו למען שמך.
היו מבני ירושלים שנזהרו מפקחותו של רבנו, והיה אחד שהיה לו דין תורה, ובדרך לרבנו שינן לעצמו שלא לגלות פרט מסויים כדי שלא יפסיד בד"ת, כשהגיע לרבנו שוחח עמו על דא ועל הא, ולא נגעו כלל בד"ת, כך המשיכו עוד לשוחח, ובסיום השיחה שמח אותו איש שהצליח להסתיר מרבנו פרט זה, עד שרבנו ליוה אותו לדלת, ושם שאלו שאלה עקיפה, האיש שהיה זחוח לא נזהר ורבנו הצליח להוציא ממנו את מה שהסתיר.
בשנה אחת בראש השנה לא יצאו לבעל תטקע תקיעות, שאלו את רבנו מה לעשות, רבנו ניגש אל הבימה, הרים את העטרת של הטלית מהבעל תוקע, ואמר לו תקע ויצאו תקיעות צלולות ורמות, התפעלו הכל איזה מופת. נענה רבנו, אין כאן מופת, הבעל תוקע היה אף הש"ץ והבעל קורא, והיה מותש, ובית הכנסת היה מלא מפה לפה ללא אויר, ובנוסף הטלית הייתה מכסה את פניו ללא אויר לכן לא הצליח לתקוע, אבל כשהרמתי את הטלית הוא שאף אויר וכך הצליח לתקוע.
הגרא"ז מלצר ראש ישיבת עץ חיים אמר שרבנו בפקחותו הסתיר את הרוה"ק ששרתה עליו. והגרצ"פ פראנק היה נוהג לומר שהשערה של הסבא קדישא היה בגדר רוח הקודש.
כתב הגרב"צ יאדלר "זכורני שבלי הושענא רבה למדתי את כל מסכת קידושין, וכן הייתי בקי בילדותי בע"פ במסכת חולין עד העור והרוטב, ובטוח אני שכל זה בא לידי רק מתוך ברכתו של הגר"ש סלנט זצ"ל שבירכני בהזדמנות אחת".
עוד סיפר הגרב"צ שכשהיה קרוב לגיל י"ב, רצה להתענות בתשעה באב, אולם אביו הגרי"ז לא הרשה לו, מחמת שלפעמים לא היה רואה בעיניו, והגרב"צ התעקש לצום, באו האב ובנו לד"ת לרבנו, שאל רבנו את הנער מפני מה אתה רוצה לצום, ענה לו וכי איך אוכל לאכול ביום שריפת בית אלוקינו? ענה רבנו אם משום כך אתה יכול להתענות, ובזכות ז תהיה רפואה לעיניך, ותקופה ארוכה מאז לא ידע הגרב"צ יותר כאב בעינו.
