משפחת מיוחס כשמה כן היא, שלשלת היחס מגיעה מצד אביו עד למשפחת בני פרעוש בן יהודה, שנזכרו במסכת תענית לעניין זמן עצי הכהנים והעם, ומכאן נגזר שמם. משפחת מיוחס הגיעה לירושלים מסאלוניקי, וזקנו של רבינו רפאל מיוחס זצ"ל הוא רבי משה שהיה פרנס ירושלים וניצב בפרץ בכל התלאות שעברו על היהודים, עמד להם בעת צרתם בגופו ופרנסם בממונו. בנו הוא 'חסידא קדישא' הגאון רבי שמואל מיוחס.
רבי שמואל זה, נפטר כבן כ"א שנה בלבד, והותיר אחריו עוללים רכים את בניו הגאונים רבינו רפאל כבן שלש שנים ואחיו רבי אברהם (בעל 'שדה הארץ') כבן שנתיים. אמו נשאה לרבי טוביה הכהן הרופא, וזקנם רבי משה הפרנס, גדלם על ברכיו וחנכם לתורה. אמנם בעת ההיא כבר התהפך הגלגל על רבי משה הפרנס ומכמה הרפתקי דעדו עליו יצא נקי מנכסיו, ובשל כך גדלו רבינו ואחיו בעל פרי הארץ בעוני ובמחסור. מצד אמו היה רבינו נכד רבי יעקב חאגיז חתנו של הרב המג"ן רבי משה גלאנטי, ואשת רבינו היא ממשפחת הרבנים זאבי שהיו גדולי העיר חברון.
כאן המקום לעשות סדר במה שרבים שואלים אודות שמו של רבינו. בספרי פוסקי דורו יש ומופיע השם 'מיוחס' כשם פרטי, ומאידך כל בני משפחתו המורחבת גם הם מכונים מיוחס. ועוד, לפעמים הוא מופיע בכינוי "בכר שמואל" ולעיתים בכ"ר שמואל מה פשר הדבר, והאם זהו שם פרטי או ראשי תיבות?
והאמת היא שבלידתו נקרא גם בשם "מיוחס" בתור שם פרטי, ועם הכינוי "בכור" כפי שהיה נהוג אז כסגולה לשמירה. לימים חלה והוסיפו לו את השם "רפאל" ומיני אז השתקע מעט השם הפרטי מיוחס. אמנם כיון ששמו היה גם "בכור" לקח רבינו כינוי זה והשתמש בו בהשמטת האות ו' לכבוד אביו רבי שמואל והיה חותם רפאל מיוחס בכ"ר (בן כבוד רבי) שמואל ולכן לעיתים השמיט את הר"ת וחתם "בכר"
רבינו נולד בירושלים בשנת תס"ה, ובהיותו בגיל שבע בלבד כבר נכנס ללמוד בישיבה המפוארת בית יעקב פירירה, בצל אריוותא דירושלים. כמו כן למד תקופה גם בישיבת החכם והגביר רבי אברהם שיראנו שהוקמה בין החומות. הנה שורות אחדות שכתב רבינו אודות ימי נעוריו בישיבה: "אזכרה ימים מקדם ימות החור"ף וראיתי אני שהימים הראשונים טובים מאלה כמה מעלות, כד הוינא זוטרי כבר שית כבר שבע שמתי פני למגמר שמעתתי לגלויי מסכתא אחרי הגלות, לא מנעתי את עצמי מבית המדרש מכי השחר עלה אפילו שעה אחת ימים ולילות, הא למיגמר הא לאגמורי, יושב ושונה ואוכל פתי לבדי פת חריבה. דין הניין לי למשקל ולמטרי בסתר תורה הלכות מרובות חבילות חבילות כאשר השיגה ידי יד כהה ללקט באומרי"ם, למען דעת צדקות ה' ודעת אלהים מעולות"
בשנת תפ"ג, עת גברו הצרות על יהודי העיר מחמת גזירותיו של השליט יוסוף פחה "ויעלל עלילות ברשע ויתן אותם במשמר", וימרר חייהם במכות בעלי אגרופין ונידונו כל יום באלף מיתות נשלח רבינו על ידי גאון ירושלים הראש"ל רבי אברהם יצחקי לקושטא, כדי להשפיע על הסולטאן העותומאני ששלט על ארץ ישראל לסלק את יוסוף פחה ממשרתו. שליחות זו הצליחה מאוד בחסד ה' ולוותה
ברצף של ניסים שנעשו לו, ואת אשר עבר עליו במסעו מתאר רבינו בפרוטרוט במגילת הנס למשפחת מיוחס.
בהגיעו לקושטא החיש פעמיו אל גדול הדור רבינו יהודה רוזאניס בעל משנה למלך, והוא קבל את פני רבינו בכבוד ובהדר. כששמע המשנה למלך את מטרת בואו ועלילותיו של יוסוף פחה, שלח לקרוא לשר היהודי סניור ג'לבי זונאנה וביקש ממנו להכנס בעובי הקורה.
הגביר הזמין את רבינו ללון בביתו, בהבטיחו כי למחרת היום יזדרז לטפל בבקשתו. עלה רבינו על יצועו, והנה הוא חולם שסכנת מגפת מוות תיפול באותו לילה על יושבי הבית. חיש קם והעיר את הגביר ובני ביתו, וציוה עליהם לנוס מהבית ללא שהות. הבוקר אור והאנשים שלחו לבדוק את אשר אירע בבית, ומצאו כי בזכות רבינו נתנו להם חייהם במתנה, שכן כדבריו כך היה ואות על זה כי נמצאה שם אשה אחת זקנה ללא רוח חיים.
מאורע זה עשה רושם כביר על גבירי קושטא, והם נתרמו לסייע בעד רבינו ובעד יושבי עיר הקודש. הגדיל לעשות הגביר זונאנה שהטיל לכיסו של רבינו מלא חפנים מאוצרותיו עבור עניי ירושלים, והלך לדבר על לב הסולטאן להעביר את המושל מתפקידו, ובחסדי ה' מאמציו עשו פרי והפחה סולק ממשרתו.
עתה שם רבינו פעמיו לעיר הקודש. בדרכו חזרה עבר דרך מצרים שם התוועד עם הגאון רבי אברהם הלוי בעל גינת ורדים, פלפל עמו בחכמה והיו דבריהם ערבים האחד על רעהו. אך יצוא יצא את העיר
להמשיך בדרכו, ויתנפלו עליו תשעה שודדים, הרגו את חמורו ושללו את כל כספו, ולא השאירו לו בלתי אם גווייתו והחלוק שעליו עם הטלית-קטן.
אך גם בזה לא נחה דעתם והכוהו נמרצות עד זוב דם. אלא שכאשר הניף אחד מהם את חרבו על צווארו של רבינו להורגו, נעשה בשרו כאבן-שיש ונשברה החרב. יתר השודדים לא שתו ליבם לנס
שמתרחש לנגד עיניהם והחלו לנסות גם הם לפגוע בו, ובזה אחר זה הפכו כל חרבותיהם כקש נידף בפני צווארו. תשע פעמים מתחולל הנס והם בשלהם, עד שהשכילו להבין כי יש דברים בגו והניחוהו
לנפשו.
לאחר שהתרחקו ממנו כשני מיל החל לתקוף אותם פחד וחלחלה בלתי נשלטים, וכל עוד רוחם בם חזרו אליו ואמרו לו כי "נזדעזעו גופם ורמ"ח אבריהם ושס"ה גידיהם ולא יכלו לילך לא לפנים ולא לאחור כי נפל פחד גדול עליהם, ומיד נתייעצו לב יחדיו ויאמרו איש לרעהו: נשיבה להיהודי את נכסיו וכל אשר לו מחוט ועד שרוך נעל, אולי יחננו ה' וימחול לנו על כי חטאנו בכפליים לכן פנו אליו וביקשוהו מחול לנו, והרי שלך לפניך, ולא נותר כל מאומה בידינו מאשר לקחנו ממך תחת כל השמים" (לשון רבינו במגילת הנס).
לזכר מאורע זה, גמר בדעתו לערוך יום הודאה קבוע לו ולזרעו אחריו ביום בו אירע הנס, יום ט"ז אדר. במשך שנים רבות היו עורכים בני משפחת מיוחס מעין יום פורים, ובו קראו את מגילת הנס שכתב רבינו וערכו משתה ושמחה, ונקרא בפיהם "פורים די לוס מיוחס" (-פורים של משפחת מיוחס).
בזמנו היתה פעילה בירושלים כת הקראים, ורבינו ראה לקרבם ולהשיבם אל דרך האמת כגון להתיר ללמד את בניהם תנ"ך, יען כי היו קצת קרובים אל החכמים "וכל שכן הני הדרים פה עיה"ק ירושלים
ת"ו שמילת בניהם נעשה על ידי ישראל, ומבקשים שיכנסו תלמידי חכמים לבתיהם" אולם בעבור מעשה שהיה חדל רבינו מלקרבם והחרימם לדיראון עולם. אמנם ידוע שיש שמספרים את המעשה הזה על רבינו האור החיים הקדוש, אך בכמה מקורות הוא מופיע על שם רבינו.
מחמת גזירותיו התכופות של המושל הוצרכו חכמי ירושלים להתוועד באחד הפעמים במקום סתר, ובחרו להם את בית הכנסת של הקראים. נכנסו החכמים פנימה ואך דרכו רגלי רבינו על גרם המדרגות הרגיש כי קדושה שוכנת תחת רגליו. ציוה רבינו להסיר את המדרגות ולתדהמתם מצאו שם את ספרי הרמב"ם, שהקראים ביקשו לבזותו בכל עת שנכנסו לתפילתם. קנאתו לכבוד רבינו הרמב"ם בערה בו, ומיד החרימם וקללם קללה נמרצת שלעולם לא יגיע מספרם בירושלים לכדי מנין אנשים. לא חלפו ימים מועטים, ומתו מעדתם אחד אחר השני עד שנותרו מהם פחות מעשרה גברים.
קללתו רבינו רדפה אותם גם אחר פטירתו בכל מיני אופנים עד עצם היום הזה. כך היה למשל בשנת תקצ"ז, עת התארגנה קבוצת קראים מחצי האי קרים לעלות בחזקה לירושלים, ועד שהגיעו לחומות העיר לקו בני העדה הקראית במגפה שפרצה בתוך העיר, ושוב פעם לא נותרו מהם עשרה.
סמוך לשנת תקי"ג התמנה רבינו לעמוד בראשות ישיבת בית יעקב פירירה, ובשנת תקט"ז לאחר שנפטר הראשון לציון רבי ישראל יעקב אלגאזי, הכתירוהו חכמי ירושלים עליהם גם כראשון לציון. חיבוריו: שו"ת מזבח אדמה, פרי האדמה על הרמב"ם, עיטור ביכורים על הש"ס, מנחת ביכורים על אגדות הש"ס. בנו של רבינו הוא הגאון רבי מרדכי יוסף מיוחס בעל "שער השמים" ושו"ת "מים שאל".
באדיבות עיתון הדרך
נערך והוגש ע"י הרב יוסף חיים אוהב ציון שליט"א
