ההתנצלות באה לאחר שמשרד הביטחון פרסם הודעה בה הוא משווה בין ההסכם עם איראן ל'הסכם מינכן' • "הנוסח הזה הוא קצת בוטה ונכתב מתוך איזשהו כעס על ההודעה האמריקאית. נתניהו לא היה מודע לו"

לאור דבריו של נשיא ארה"ב ברק אובאמה בתדרוך לעיתונאים ביום שישי האחרון בבית הלבן, כי כיום, שנה לאחר חתימת הסכם הגרעין עם איראן, גם ישראל מודה כי ההסכם הינו סיפור הצלחה, בניגוד לתחזיותיה הקודרות והמאיימות כי איראן תערים על המערב ותמשיך לחתור להשגת נשק גרעיני.

אובאמה הדגיש בדבריו, כי צה"ל אף שינה את היערכותו בשטח לאור מיגור האיום מצד איראן.

זמן קצר לאחר מכן, פירסם משרד הביטחון הודעה, לפיו "מערכת הביטחון הישראלית סבורה כי להסכמים יש ערך אך ורק אם הם מבוססים על מציאות קיימת, ואין להם כל ערך אם העובדות בשטח הפוכות לגמרי מאלו שההסכם נשען עליהן".
בהודעה מודגשת העובדה כי, "איראן מודיעה בפירוש ובריש גלי כי מטרתה היא השמדת מדינת ישראל, ודו"ח של מחלקת המדינה האמריקנית שפורסם השנה, קבע כי היא נמצאת במקום הראשון כספונסרית של הטרור העולמי. לכן הסכמים מסוג זה אינם מועילים אלא רק מזיקים למאבק הבלתי-מתפשר שיש לנקוט מולה".

בתגובה להודעה זו מיהר ראש הממשלה לשלוח את מ"מ היועץ לביטחון לאומי יעקב נגל על מנת שזה יחייג לשגריר ארה"ב בישראל דן שפירו ויביע פניו את עמדתה הרשמית של ממשלת ישראל, במהלך השיחה אמר נגל לשפירו, כי שר הביטחון אביגדור ליברמן לא עדכן את ראש הממשלה בנימין נתניהו לגבי ההודעה שמתחה ביקורת על נשיא ארה"ב ברק אובמה, וכי ראש הממשלה הופתע כאשר שמע עליה בתקשורת והדגיש כי ההודעה שפורסמה מטעם משרד הביטחון, איננה על דעתו וכי לא היה מודע לפרסומה הצפוי.

מקורבו של רוה"מ ח"כ צחי הנגבי, הגיב הבוקר לתקרית ואמר כי "הנוסח הזה הוא קצת בוטה ונכתב מתוך איזשהו כעס על ההודעה האמריקאית. הדבר אחרון שצריך לעשות זה לייצר תבערות על מחלוקת מאוד קשה ואמיתית שהייתה ביננו בשעתו".

מנגד ח"כ גלאון בתגובתה הדגישה את העובדה כי ישראל עומדת בימים אלו ערב חתימה על הסכם הסיוע ואמרה כי: "ערב החתימה על הסכם הסיוע הביטחוני לישראל, ליברמן החליט לנהל מדיניות של ראש בקיר ולהחריב את היחסים האסטרטגיים עם ארה"ב"

ואילו ח"כ יאיר לפיד, שממצב עצמו במשבצת המדינית, אמר כי ״תגובת משרד הבטחון לדברי הנשיא אובמה היא שילוב של חוסר אחריות מדינית ופגיעה נוספת ומיותרת ביחסי ישראל וארה״ב. גורם ישראלי רשמי פשוט אינו יכול להשוות נשיא אמריקאי למי שנכנע לנאצים. האמריקאים אינם נוטים לשכוח עלבונות כאלה וזה מערער שוב את יסודות היחסים. טוב עשה ראש הממשלה שהוציא הודעת ריכוך, אבל זו דוגמה נוספת לחוסר התפקוד של הממשלה בזירה הבינלאומית".