בהקדמה לספר מבאר מרנא החפץ חיים זצ"ל מה היו המניעים שלו לחיבור הספר ובראשם העובדה שהשולחן ערוך נכתב כקיצור וסיכום של הטור והבית יוסף, והלומד בשולחן ערוך לבדו עלול לפעמים לטעות בהבנת ההלכה, מה גם שעצם הלימוד של פרטי דינים מבלי להבין את טעמם קשה יותר לזכירה, והלימוד עם הטור והשו"ע הוא ארוך ואינו שווה לכל נפש. כמו"כ כותב הח"ח כי עברו שנים רבות מאז נכתבו החיבורים ההלכתיים הגדולים שהיו נפוצים עד אותה העת, ובאותן שנים התחדשו פרטי דינים והלכות שלא הוזכרו בהם. לצד אלו מביא המחבר טעמים נוספים לכתיבת המשנה ברורה.
את המשנה ברורה כתב מרנא החפץ חיים במשך כשלושים שנה, מתוכן השקיע כעשר שנים בחלק ג' המוקדש להלכות שבת. את החיבור הכין בסיוע חתנו הגאון רבי צבי הירש לוינסון זצ"ל, שהיה יד ימינו בניהול הישיבה בראדין, ושהיה לומד אתו בקביעות והעיון את ההלכות לפני שסיכמן מרנא החפץ חיים במשנה ברורה. כמו"כ סייע בידו בנו רבי אריה לייב הכהן פופקא, שהעיד כי אביו ביקש ממנו לכתוב את המשנה ברורה על כמה סימנים, אך את חלקם הספיק החפץ חיים בעצמו לכתוב עוד לפני שבנו ערכם ושלח אליו את כתביו. בסופו של דבר נכנסו לספר מספר מועט של סימנים שחיבר בנו, בעיקר בהלכות שבת.
מסופר בפי העם, שמרנא החפץ חיים הקים חבורה של בעלי בתים בעיר ראדין, שהיו לומדים משנה ברורה לפני הדפסת הספר, ולאחר מכן היה הח"ח משוחח עמם ובודק אם הדברים נכתבו בצורה מבוארת דיה, כדי שיהיו שווים לכל נפש, ובמקום הצורך היה מוסיף על החיבור ומשנה אותו מעט כדי שיהיו הדברים ברורים ובהירים לכל אחד ואחד.
יותר ממאה שנים לאחר שהשלים מרנא החפץ חיים את חיבורו הגדול, יצא ארגון 'דרשו' בפרויקט מיוחד, ובמשנה הברורה במהדורת 'דרשו' נוסף החיבור 'ביאורים ומוספים', אשר נתקבל בחפץ לב בכל קהילות ישראל, ואשר משלים את הלימוד במשנה הברורה עם פסקי האחרונים אשר באו אחריו, מה שהופך את הלימוד למעשי ומאפשר ללומדים לאסוקי שמעתתא אליבא דהלכתא.
