תפילות יום הקדוש בחצר מרן הגר"מ שטרנבוך שליט"א נערכו בהיכל ישיבתו בבית שמש, כשמרן פוסק הדור שליט"א ניגש לפני העמוד לתפילות כל נדרי ומעריב, ותפילת נעילה • במהלך היום הקדוש נשא מרן פוסק הדור שליט"א דברי כיבושין שלושה פעמים בהיכל הישיבה.

על פי מנהגו הקבוע מתחיל מרן הגר"מ שטרנבוך שליט"א את סעודה מפסקת פחות משעה קודם השקיעה, ובמהלך סעודה מפסקת מברך את בניו ואת נכדיו כפי מסת הזמן. לאחר כחצי שעה – ומדליק נרות לכבוד החג.

כעשרים דקות קודם השקיעה פותח את ארון הקודש וניגש לפני העמוד לאמירת כל נדרי – בניגון המיוחד שהיה מקובל בישיבת הגה"צ רבי משה שניידער זצ"ל.

קודם תפילת מעריב נשא מדברותיו בהיכל הישיבה, ולאחר מכן ניגש לפני העמוד לשמש כש"ץ בתפילת מעריב עד סליחות, כמו כן קודם תפילת נעילה נשא מדברותיו בהיכל הישיבה, וניגש לפני העמוד לתפילת נעילה. בסוף נעילה קודם קבלת עול מלכות שמים ואמירת פסוקי שמע ישראל וכו', נשא מדברותיו בפעם השלישית ביום הקדוש, ועורר את הציבור שכל אחד יקבל על עצמו מסירות נפש.

לאחר סיום תפילת מעריב ממתין עד שלש דקות לאחר רבינו תם – לתוספת יום הכיפורים. לאחר הבדלה עברו כל בני הישיבה להתברך, ובירך כל אחד ואחד בפני עצמו בברכת והריקותי לכם ברכה עד בלי די…