בעקבות פרסומים מעוותים בעניין נמסר הערב מהרבנות הראשית מטעם לשכתו של הרב הראשי לישראל הגאון רבי יצחק יוסף כי "לא התבצע כל פניה בנוגע למתן היתר לחסן בשבת". מהרב הראשי לישראל הגאון רבי דוד לאו נמסר כי הוא "רואה חשיבות רבה במתן החיסונים לכלל הציבור ואף התחסן בפומבי בכדי לעודד את הציבור להתחסן".
עם זאת צוין כי "הרב הראשי סבור כי ככל שיתקיימו חיסונים במשך כל שעות היום והלילה במהלך השבוע, מה שמעיד בפועל על דחיפות ובהילות לחסן מהר ככל הניתן, יהיה אפשר לשקול להתיר חיסונים גם בשבתות. בשלב זה כאשר גם בימות השבוע עדיין לא מבצעים חיסונים בכל שעות היום והלילה אלא בשעות קבלת קהל ולכן בשלב זה אין היתר לחלל שבת".
בתוך כך, לאחר פנייתם של רבני בתי החולים ורופאים בכירים לראשון לציון הגרש"מ עמאר ובעקבות פרסומים על קופות חולים העורכים חיסונים בשבת בטענה של פיקוח נפש, פסק הראשון לציון הגרש"מ עמאר שליט"א רבה של ירושלים במכתב מיוחד כי אחר התייעצות עם הרופאים זהו איסור גמור. במכתבו פתח הראשון לציון בדברי חיזוק ובהודאה לבורא עולם על פיתוח החיסונים כמלחמה נגד הנגיף המתפשט.
"בימים אלו אשר בחסדי השם עלינו ניתנה האפשרות להתחסן כנגד המגפה הרעה המשתוללת בכל פינות תבל, ורבים חללים הפילה, ועצומים כל הרוגיה, ולא הנחש ממית ולא הנחש מחיה, אלא בשעה שנושאים עיניהם למרום ומשעבדים את ליבם לאבינו שבשמיים, הקב"ה מלא רחמים ומרבה להטיב, והוא מושיעם".
"והנה בזמן שהנהגת ה' הייתה באתגליא, ראו ישועת ה' בגלוי, וחשו את את יד ה' התומכת ומרוממת, ועין בעין הביטו אל ישועות ה' ונפלאותיו, וגם בימים של הסתרת פנים חסדי ה' לא תמו ולא כלו רחמיו, אלא שנעשים בהסתר, והוא עילת העילות וסיבת הסיבות, מסובב כל העילות, עד לביצוע הישועה, והמסתכל ומתבונן לשום עינו ולבו להבין, רואה את ישועת ה' בבירור".
"וכל אשר עיני שכלו פקוחות השם לבו לדרכי ה' והשגחתו הנפלאה, המגביהי לשבת גבוה מעל כל גבוהים השפילי לראות בשמים ובארץ, והוא המולך והמביא, רואה ישועת ה' בשמחה. ואנו לי-ה עינינו נשואות כעיני עבדים אל יד אדוניהם, כעיני שפחה אל יד גבירתה כן עיניינו אל ה' א-ל-הינו עד שיחננו וישלים ישועתנו ורפואתנו בחסד וברחמים".
במכתבו דן הראשון לציון על החיסונים בשבת ודוחה את הטענות כי הדבר כרוך בפיקוח נפש ואף מוסיף כי אם הוא פיקוח נפש מדוע מגבילים את שעות החיסונים מידי יום. "התעוררה השאלה, האם להתיר לבצע את החיסונים גם ביום שבת קדש. ויש שהזדרזו להודיע בשער בת רבים, שהם מחסנים גם בשבת, ותשובתם מוכנה על שפתם, "שפיקוח נפש דוחה שבת". ואולם נהגו בזריזות יתירה, ואם כי מחשבתם טובה, להרבות חיסונים ולהציל נפשות, מ"מ לא חישבו נכון איך לנצל הזמן שבו ראוי להרבות חיסונים ככל האפשר, שיש מהם שלא מחסנים בימי ששי, ובשאר ימים מסיימים מוקדם, אבל את השבת הם מקריבים בראש, בלי רגש על קדושתה. וגם אם ימלאו ימות החול, יש שעות רבות בלילות שהתיכנון נכון יכולים לנצלם. והדברים ידועים. ואחר שהתיעצתי עם אנשים חשובים בתחומי הרפואה הציבורית, הנני להודיע, שאסור לבצע את החיסונים ביום השבת".
בסיום מכתבו המליץ הראש"ל לרופאים לחסן את אלה שאינם יהודים בשבת ע"י רופאים שאינם יהודים. "יכולים לנצל את השבת ולחסן שאינם יהודים ע"י צוותות שאינם יהודים. ולא יהיה שום נזק ח"ו, ובזכות שמירת השבת ישמרנו הא-ל לעד אמן". חתם הראשון לציון את מכתבו".
