שורה של ארגונים יהודיים מותחים ביקורת קשה על התנהלותו של הרב מיכאל שודריך, הרב הראשי לפולין בנושא השחיטה, הרב מנחם מרגולין, מנכ"ל איגוד הארגונים היהודיים באיחוד האירופי , קרא לשודריך לעזוב את תפקידו בעקבות המחדל. "שודריך חסם ארגונים יהודיים שפעלו בכדי להציל את השחיטה בפולין, וזאת מתוך שיקולי אגו, בכדי שהוא יהיה היחיד שיעסוק בנושא. אני מגנה בחריפות את ההתנהלות של הרב שודריך וקורא לו להתפטר מתפקידו" שודריך לא נשאר חייב וטען כי מאחורי דבריו של מרגולין עומדת "שנאת חינם". לדבריו, הוא "עמד בקשר" בנושא השחיטה עם הקונגרס היהודי האירופי וכן עם ועידת רבני אירופה.