מחלוקת פרצה מאחורי הקלעים של הוועדה המסדרת בכנסת סביב האפשרות שתוקם ועדת כנסת שתדון בבקשתו של ראש הממשלה בנושא החסינות, אם הוא אכן יבקש כזו. בליכוד טוענים שיו"ר הוועדה המסדרת, ח"כ אבי ניסנקורן מכחול לבן, מבקש להשאיר אפשרות לוועדה להקים ועדת כנסת שתדון בחסינות נתניהו, גם במהלך פגרת הבחירות אליה יצאה הכנסת.
בליכוד דורשים שהקמת ועדת כנסת תיעשה רק במסגרת ועדת ההסכמות, שיערך בפורום מצומצם שכולל נציגים רק ממפלגות הליכוד ואת כחול לבן. בכחול לבן סרבו לכך ומבהירים שאם יראו לנכון להקים ועדת כנסת בנושא החסינות, כולל בזמן הבחירות, הם יביאו את ההחלטה להצבעה בפורום הרחב של הוועדה המסדרת, ולא ישאירו זאת לפורום המצומצם של ועדת ההסכמות שתכלול רק את מפלגות הליכוד וכחול לבן.
בכחול לבן טוענים כי הליכוד ניסה לבלום אפשרות להקים ועדת כנסת לפני הבחירות, וזאת כדי לדון בחסינות של ראש הממשלה בנימין נתניהו, ככל שיהיה לכך רוב בכנסת. לפי גורמים בכחול לבן, בליכוד ניסו לקדם סעיף בחוק, לפיו ועדת הכנסת תוקם רק באישור ועדת ההסכמות שבה חברים ח"כ מיקי זוהר וח"כ אבי ניסנקורן, כך שהתנגדות של אחד מהם, תמנע אפשרות כזו. יו"ר הוועדה המסדרת ח"כ ניסנקורן (כחול לבן) זעם על הניסיון הזה ודחה דיון שגרתי שאמור היה להתקיים היום על מנת להבטיח רוב בוועדה שיתנגדו לשינוי כזה.
לאחרונה, היועמ"ש לכנסת עו"ד איל ינון קבע כי ברוב של חברי כנסת ניתן יהיה להקים את ועדת הכנסת שתדון בחסינות של נתניהו, אבל יו"ר ישראל ביתנו, ח"כ אביגדור ליברמן הודיע כי יתנגד למהלך שכזה, בכחול לבן אמרו כי תכננו לשכנע את ישראל ביתנו לתמוך בכך על מנת להשיג רוב.
השלב הראשון בבקשת חסינות מפני העמדה לדין הוא דיון בבקשה שהוגשה מטעם חבר כנסת בוועדת הכנסת, רק לאחר הדיון ניתן להגיש כתב אישום לבית המשפט. כעת, על רקע הכישלון להרכיב ממשלה, אין ועדת כנסת קבועה, ובמקומה, פועלת ועדה זמנית, הוועדה המסדרת, עו"ד ינון קבע בעבר כי לוועדה המסדרת אין אפשרות לדון בבקשות חסינות.
בחוות הדעת הבהיר היועמ"ש לכנסת כי לוועדה המסדרת אינה מוסמכת לדון במתן חסינות במקום ועדת הכנסת, וכי הכרחי להקים ועדה זו לשם כך. עוד הביע את עמדתו כי לא ניתן לדלג על שלב הדיון בוועדת הכנסת, ולהעביר בקשה לקביעת חסינות ישירות לדיון במליאה, "מדובר בהליך מעין-שיפוטי שלא ניתן לדלג על שלביו המהותיים שנקבעו בחוק", אמר ינון, וקבע כי גם כאשר מוגשת בקשת חסינות, אין בכך כדי לחייב את הכנסת להקים את ועדת כנסת כדי לדון בה בטרם הוקמו יתר הוועדות הקבועות.
