מערכת הביטחון התחילה לחקור את האירוע זיהום הזפת בחופי ישראל שבמהלכו ספינה לובית שיצאה מאיראן פלטה עשרות טונות של זפת כשחלפה מול חופי ישראל. זאת לאחר הביקורת על כך שהגורמים הרלוונטים הודרו מחקירת זיהום הזפת.
כזכור, השרה להגנת הסביבה, גילה גמליאל, חשפה אמש כי ישראל זיהתה את הספינה שממנה דלפו כמויות גדולות של זפת לים וזיהמה את חופי ישראל לפני כשבועיים. לדבריה, מדובר בספינה מלוב שהפליגה לאזור ישראל מאיראן וכי פעולת הזיהום נעשתה בזדון. "זה טרור סביבתי! אונייה פיראטית עם מכלית לובית היא שיצרה את הזיהום. היא עשתה את כל הדרך מהמפרץ הפרסי עם מכשירים כבויים. האונייה נמצאת ממש בשעה זו באיראן".
אולם, גורמים במערכת הביטחון אמרו אמש כי לא ניתן לקבוע שהספינה המזהמת עשתה זאת במכוון ולא כתוצאה מתקלה וציינו שהם לא מכירים את המידע שהציגה השרה. ייתכן שתגובת הגורמים הביטחוניים הגיע בשל העובדה שהמשרד להגנת הסביבה לא שיתף גורמים אחרים ועשה את התחקיר לבדו. גורם ביטחוני צוטט אמש ב'חדשות 12' אומר: "מקווה מאוד שיש לשרה גמליאל הוכחות מוצקות אחרת עוד יתברר שהכול נסמך על אירוע נסיבתי ולא על ראיות".
המשרד להגנת הסביבה התבסס בתחקיר שלו על בדיקה שביצעה חברת TankerTrackers והועברה לידי המשרד ממנה עולה כי המכלית Emerald, מקור הזיהום החמור בחופי ישראל, תועדה ב-17 בינואר אל מול האי האיראני ח'ארג במפרץ הפרסי. ההערכה היא כי בעגינה זו העמיסה המכלית נפט גולמי איראני שבסופו של דבר הגיע לחופי ישראל.
כמו כן, נמצא אישור מצולם לפעולת העברת הנפט בלב ים בשטח הים הפתוח בין קפריסין לסוריה. למשרד הועבר תצלום לוויין שלפיו ב-14 בפברואר המכלית אמרלד העבירה נפט גולמי למכלית הנושאת דגל איראני בשם LOTUS. צילומי הלוויין מראים את החבירה של שתי המכליות (STS) בלב הים, וככל הנראה פריקה של הנפט הגולמי האיראני למכלית.
