רק מספר שעות לאחר שנודע למשטרה על החטיפה - הועברה ההודעה לצבא. כשעקבותיהם של החטופים נעלמו החלה המשטרה לחקור ואף הקימה חפ"ק, אך צה"ל גילה על האירוע רק ב-4:00 בבוקר של יום שישי.

הידיעה על ההיעלמות:
במשך שעות ידעה המשטרה על היעלמותם של שלושת הנערים שנחטפו בגוש עציון, מבלי לעדכן את צה"ל בעניין – כך עולה ממידע שהגיע הערב לידי מערכת "וואלה".

עקבותיהם של נפתלי פרנקל, אייל יפרח וגיל-עד שאער נעלמו ובעקבות החשש לחייהם של הנעדרים, הוקם חפ"ק משטרתי בקריית ארבע. אך בצה"ל שמעו על החטיפה רק ב-4 לפנות בבוקר, שעות קריטיות לאחר תחילת האירוע.

חקירת האירוע:
מחקירת האירוע עולה כי שאער ופרנקל עזבו את הישיבה בהתנחלות כפר עציון בשעה 22:00, ויידעו את הוריהם שהם עושים את דרכם הביתה לטלמון ולנוף איילון.

עדי ראיה ששהו באיזור באותו זמן, תיארו כי זמן קצר לאחר מכן ראו את השניים עומדים בצומת אלון שבות ומנסים לעצור טרמפ לכיוון בית שמש. בסביבות 21:40 שוחח יפרח עם אחד מחבריו ואמר לו שהוא מחכה לטרמפ בדרכו לביתו שבאלעד. בשלב זה, נעלמו עקבותיהם של השלושה.

חקירת המשטרה:
המשטרה החלה לחקור את הנושא, ובשעה 3:00 בלילה אף הגיע אביו של אחד הצעירים לתחנת המשטרה וסיפר כי אבד הקשר עם שאער ופרנקל. מחשש לחייהם, גם הוקם החפ"ק. אך צה"ל קיבל את המידע על החטיפה רק בסביבות 4:00, שעות לאחר קבלת האינדיקציה הראשונית. רק אז עודכן גם שירות הביטחון הכללי במקרה.

המידע בנוגע להיעלמותו של יפרח הגיע בבוקר למשטרת מחוז ש"י על ידי גורמים בישיבה שבה הוא לומד – ואביו נקרא למשטרה להגיש תלונה. בהמשך הבוקר הובן כי מדובר באירוע חטיפה אחד.

המחדל:
כשמדובר באירוע חטיפה בשטחים, הזמן קריטי. ייתכן שאם המשטרה הייתה מעדכנת את צה"ל והשב"כ על החטיפה שעות קודם לכן, החוטפים לא היו מצליחים להיעלם ביתר קלות ולהסתיר את השלושה. סביר להניח שלאחר שהאירוע יסתיים, כוחות הביטחון יחקרו את המקרה בניסיון להבין מדוע לא עבר המידע בזמן.

במשטרת מחוז ש"י אמרו בתגובה: "ישנם הרבה פרטים שקשורים לחקירת החטיפה שלהם ולכן לפי שעה אנו לא מתייחסים, מאשרים או מכחישים, כל פרט שקשור לחקירה ומרכזים מאמץ כביר עם צה"ל והשב"כ באיתורם".