לאחר שכוחות צה"ל פשטו הלילה (ראשון) על שורת יעדים ביהודה ושומרון במהלכה גם נפצעו קשה מפקד פלגה ביחידת דובדבן והקשר שלו מתברר כי הפעילות כוונה נגד תאי טרור חמושים של ארגון חמאס, שאף קיבלו הכוונה מגורמים ברצועת עזה. בתקופה האחרונה השב"כ פעל נגד אותה תשתית בכמה מבצעים, אך הלילה הגיעה הפעילות לשיאה.
על פי המידע, כוחות צה"ל ושב"כ פעלו בחמישה מוקדים שונים ביהודה ושומרון, והמרכזיים שבהם היו בכפרים בורקין ובידו, שם התפתחה לחימה מטווח קרוב. בבידו פעלו כוחות ימ"מ על פי מידע של השב"כ, והלוחמים חיסלו שלושה מחבלים במהלך חילופי האש שהתפתחו במקום. כמו כן, תפסו הכוחות כמות גדולה של אמצעי לחימה, לאחר שהחוליה שנגדה פעלו הסתתרה.
הפשיטה החלה כששב"כ נתן "אור ירוק" לגל המעצרים המיוחד שיצא לפועל הלילה, נגד תשתית ממוסדת וחמושה של חמאס. לצורך זאת, מידע מודיעיני עדכני ומדויק הועבר לכוחות צה"ל על מקום הימצאם של המחבלים.
בתחילה יצא כוח מסתערבים של יחידת דובדבן אל לב ג'נין, סמוך למחנה הפליטים, כדי לאתר את המבנה בו הסתתר המבוקש החמוש הראשון. לאחר האיתור, כוח של היחידה החל לרדוף אחרי המחבל עד שעצר אותו, ואירוע הסתיים ללא נפגעים. לאחר מכן יוצא כוח גדול של היחידה למעצר נוסף מאותו תא טרור, בכפר כופר דאן, שגם הוא מסתיים בהצלחה וללא נפגעים. בשני המקרים נתפס גם הנשק.
בשלב השלישי של המבצע המורכב כוח של לוחמי יחידת דובדבן מגיע לכפר ברוקין שבצפון השומרון למעצר נוסף של מבוקש, שאכן נתפס עם נשקו, אך סמוך לשעה 01:00 לפנות בוקר מתפתח קרב יריות עם חמושים נוספים.
בחילופי האש הכבדים נפצעים קצין ולוחם מיחידת דובדבן – מפקד פלגה והקשר שלו. אחד מהם נפגע בריאות והשני באגן, והם מפונים תחת אש כבדה של חמושים שהגיעו אל המרחב. כוח ימ"ס של מג"ב יו"ש מסייע במשימת החילוץ לדובדבן, ובמסגרת חילופי האש נהרג מחבל חמוש.
השלב האחרון במבצע התרחש סמוך לשעה 03:30, כשהמשימה המורכבת ביותר הוטלה על לוחמי יחידת הימ"מ. בפעולה בכפר בידו נתקל כוח צה"ל בירי מטווח קצר מאוד, וחילופי האש שהתפתחו הסתיימו כששלושה מחבלים נהרגו.
עם סיום הפעילות התברר היקף הפגיעה של צה"ל בתשתית חמאס: 5 הרוגים, 20 עצורים ו-11 פצועים. בשעה זו נחקרים העצורים, ובסיום החקירות ניתן יהיה לדעת כמה מתוך התשתית סוכלה. חבריה תכננו לבצע פיגועים נגד ישראלים כבר בתקופה הקרובה
