שר הביטחון בני גנץ הגיב לדו"ח הרשות הפלסטינית ואמר כי "מדינת ישראל מצרה על מותה של שירין אבו עאקלה, צה"ל מבצע תחקיר בנושא בכדי להגיע לחקר האמת. כל טענה שצה"ל פוגע בכוונה בעיתונאים או בבלתי מעורבים היא שקר גס ובוטה".
לדברי גנץ, "צה"ל פועל מול טרור רצחני, שגבה בשבועות האחרונים את חייהם של 20 בני אדם. רבים מהטרוריסטים יצאו מאזור ג'נין, שהוא האזור בו אירע האירוע המדובר. אנחנו פועלים תמיד, תוך התמקדות בפגיעה בטרוריסטים והימנעות ככל שניתן מפגיעה בבלתי מעורבים. כך נמשיך לעשות. תחקירים והפקת לקחים לא מבצעים במסיבות עיתונאים, אלא בחדרים הסגורים, ותוך העברת מידע".
"למרות פניות רבות של הצד הישראלי, הפלסטינים מסרבים לשתף פעולה, מה שמעלה את השאלה האם הם באמת רוצים להגיע לחקר האמת. גם כיום אני קורא לרשות הפלסטינית להעביר לידינו את הקליע ואת כלל הממצאים. אנו מוכנים ונכונים לקיים תחקיר בשיתוף גורמים בינלאומיים גם כעת. מי שמאמין לעצמו, לא מפחד. מי שיודע שהוא פועל מול הטרור, ונמנע מפגיעה בבלתי מעורבים, רוצה לדעת את האמת, ולחשוב מה ניתן לעשות בכדי לשמור על חיי אדם".
בסיום דבריו אמר גנץ כי החקירה החד צדדית, והניסיונות להאשים את חיילי צה"ל בפשעי מלחמה תוך קידום תחקירים שקריים כמו זה שפורסמו ברשת CNN, פוגעים ביכולת להגיע לשקט וליציבות באזור, ונותנים רוח גבית לטרור.
צה"ל הוא צבא מוסרי. "אני נותן ללוחמים את כל הגיבוי וגאה לעמוד בראש מערכת ביטחון שפועלת בכל מקום ובכל זמן, במטרה להגן על אזרחי ישראל".
הרמטכ"ל אביב כוכבי התייחס גם הוא בטקס סיום קורס אלון ללימודי מלחמה לתחקיר הפלסטיני בפרשת הרג העיתונאית בג'נין, שירין אבו עאקלה, ואמר כי "ניתן לקבוע בוודאות שאף חייל לא ירה בה במכוון". עוד אמר כי הוא "קורא לפלסטינים פעם נוספת לשתף פעולה ולתת לאור היום לחטא את הספק ולסלק את סימני השאלה. עד שלא נרד לעומק הפריטים, לא יהיה ניתן לקבוע מי ירה".
