המתיחות בין ראש הממשלה נתניהו לשר הביטחון יואב גלנט נוכחת כל העת גם במהלך ניהול המלחמה. אם בתחילת המלחמה התרגלנו לראות את השניים מתייצבים למסיבת עיתונאים יחד עם בני גנץ מהר מאוד גם זה הפסיק לעבוד.
יחסי נתניהו גלנט עלו על שרטון בימי הרפורמה המשפטית, אז נשא גלנט את נאומו הידוע בו הזהיר מקידום הרפורמה, בתגובה פיטר ראש הממשלה את גלנט מתפקידו אולם חזר בו לאחר 'ליל גלנט' בו יצאו אלפי אנשי שמאל למחות נגד ההחלטה.
הערב מפרסמת מוריה אסרף וולברג בחדשות 13 כי בכירים במערכת הביטחון טוענים: "הקרע בין נתניהו לגלנט הופך את צהל, השב"כ והמוסד למתווכים בין נתניהו לגלנט, בזמן מלחמה. מערכת היחסים ביניהם מעכבת את השגת מטרות המלחמה".
לטענתם, אחת הסיבות שישראל לא הגיעה להכרעה בסוגיית "היום שאחרי", היא העובדה שראש הממשלה נתניהו לא יסכים לקבל את התוכנית שהציג שר הביטחון, חרף העובדה שמה שהציג גלנט לא רחוק ממה שהציג נתניהו, אבל חוסר האמון בין השניים מונע מרה"מ לאורך כל החודשים לאמץ את התוכנית.
לטענת גורמי ביטחון, זה זמן ממושך שלא התקיימה פגישה בה נכחו שלושת אדריכלי המלחמה: רה"מ, שר הביטחון והרמטכ"ל.
מלשכת רה"מ נמסר בתגובה: "ראש הממשלה, שר הביטחון ושרי הקבינט פועלים יחד להשגת כל מטרות המלחמה: שחרור החטופים, חיסול החמאס ומניעת איום עתידי מעזה על ישראל".
מלשכת שר הביטחון יואב גלנט נמסר: "ראש הממשלה ושר הביטחון פועלים יחד להשגת מטרות המלחמה ומקיימים פגישות בפורומים הרלוונטיים לפי העניין".
