רבים אינם יודעים אך למעשה הרב זצ"ל, ויבלדט"א אחיו יו"ר ש"ס הרב אריה דרעי, חבים את חייהם הרוחניים לארגון. "כשמשפחת דרעי עלתה לארץ ממקנס שבמרוקו" מספרים בארכיון הארגון "הם עברו להתגורר בבת ים. לצערם הרב, המדינה שיכנה גם אותם בשכונת פשע ומצוקה, ופעילי יד לאחים שסבבו בשכונה כדי להציל ילדים מהפשע והנחשלות, שכנעו את הוריהם להעביר את האחים יהודה ואריה הקטנים למתיבתא בחדרה שכללה פנימייה. כך הגיעו השניים לעולמה של תורה".
בארגון מזכירים במיוחד שני מאבקים הרואים שנקשרו בשמו של הרב דרעי, שבשניהם נטפלו אליו לאחר שעמד במסירות נפש כנגד פעילות המיסיון.
המקרה הראשון התרחש באביב של שנת ה'תשס"ה, אז חשפו ביד לאחים סופר סת"ם בעל חזות חרדית מובהקת שהתגורר בבאר שבע ולא היה אלא מיסיונר מכת 'היהודים המשיחיים' שנהג להגיע לבתי כנסת ולחלק בהם מנשרים מיסיונריים.
בשלב זה פנו אנשי הארגון אל הגר"י דרעי, שמאז שבתו על כס רבה הראשי של באר שבע ניצב בעוז בראש פעילות המחאה נגד המיסיון, בבקשה כי יפרסם על איסור לרכוש מ"הסופר" תפילין ומזוזות ויורה לאלו שכבר הספיקו לעשות זאת לשרוף אותם כדין 'ספר תורה שכתבו מין'. הגר"י דרעי ביקש תחילה לפגוש את האיש פנים אל פנים, ולאחר חקירה ודרישה הבין את הסכנה שבדבר והוציא את הפסק.
"עם התייצבותו בלשכתי", שחזר באותם ימים הגר"י זצ"ל "ביקשתי ממנו להשיב לי על שתי שאלות: האם אתה מאמין באותו האיש ימ"ש והאם אתה כותב ספרי תורה, תפילין ומזוזות. הלה השיב לי כי הוא מאמין בהחלט באותו האיש ובתוך כך החל לשלוף לי ציטטות ומובאות התומכות כביכול באמונתו המפוקפקת. בלמתי אותו ואמרתי שאיני מוכן לשמוע דברי כפירה וביקשתי שישיב לאלתר על שאלתי השנייה. האיש אישר כי הוא כותב תפילין ומזוזות וכי במרוצת השנים מכר רבים כאלו לאנשים רבים. הבהרתי לו חד משמעית כי כבר לקראת השבת הקרובה אני עומד לפרסם איסור ברור לרכוש ממנו תפילין ומזוזות ולקרוא למי שכבר הספיק לעשות זאת לשורפם או להגישם לרבנות. מאז לא שמעתי על האיש ולא פגשתיו".
דא עקא שהמיסיונר מיהר לפנות למשטרה ולאחר כשבועיים נדהם הגר"י דרעי לקבל לביתו 'צו הרחקה' מבית-משפט האוסר עליו להתקרב אל האיש ולבוא עמו במגע. לרב התברר כי הסופר המיסיונר, שראשי 'היהודים המשיחיים' עמדו מאחוריו, החליטו לטפול עליו עלילת שווא לפיה שלח תלמידי ישיבה להכותו נפש. האיש טען בבית המשפט כי "הבחורים התייצבו בביתי, החלו להכותני, ותוך כדי כך יצרו קשר עם הרב דרעי שהורה להם להמשיך להכות אותי ללא רחם".
עם היוודע דבר הצו שיצא על-ידי בית המשפט בבאר שבע, סערו הרוחות בקהילה התורנית בעיר. "האם בית המשפט היה מעז להוציא צו כזה, במעמד צד אחד, אילו מדובר היה בנשיא בית המשפט המחוזי, שהרב, כראש אבות בתי הדין בעיר מקביל לו במעמדו?!" שאלו רבים בזעם ובתחושת עלבון קשה. הגר"י דרעי עתר מיידית לבית המשפט בדרישה נחרצת להסרת הצו המקומם שנכתב ונחתם במעמד צד אחד.
בסופו של דבר, בדיון שהתקיים בעיצומם של ימי חג החנוכה – בדיון שבו הופיעו בצורה בולטת ומופגנת כל ראשי הכת – עמד בית המשפט על הסתירות המהותיות בדברי הסופר המיסיונר והשופט יגאל טהר-לב פסק לאלתר כי הוא מבטל את צו ההרחקה הקודם שניתן וכי הוא מחייב את המיסיונר בהוצאות משפט בסך 1,500 ש"ח.
סיפור נוסף התרחש באותה שנה כאשר לפי מידע שהיה ביד לאחים תכננו אנשי הכת הנוצרית 'היהודים המשיחיים' לקיים טקס הטבלה המוני לנצרות במנזר שבשליטתם ברחוב האבות בבאר שבע. המידע שהגיע ליד לאחים הצביע על כך שבטקס אמורות להשתתף משפחות רבות ובני נוער מערים שונות בדרום הארץ.
מייסד ויו"ר יד לאחים הרה"ג רבי שלום דב ליפשיץ זצ"ל, מיהר ליצור קשר עם הרב דרעי זצל ועדכן אותו בהתפתחות. הגר"י דרעי זצ"ל נחרד למשמע הדברים ומיהר לפרסם כרוז הקורא לכל היראים והחרדים לדבר ה' להיקהל ולעמוד על נפשם ולקיים את תפילת מוסף ברחובה של עיר אל מול הבית בו תוכנן להיערך הטקס המקומם.
המוני תושבי העיר נענו לקריאה והתקהלו מחוץ למקום, והדבר גרם לאוטובוסים שהגיעו לכנסיה עם יהודים תמימים לסוב על עקבותיהם. ההטבלה בוטלה בעקבות כך בסופו של דבר, אולם המיסיונרים ביקשו לרדוף את הרב דרעי והגישו נגדו תלונה במשטרה על אלימות ו"הלהטת הרוחות".
הסאגה נמשכה חודשים ארוכים כאשר הכומר הווארד בס שניהל את הכנסיה ואת ניסיון ההטבלה הצהיר בכתב התביעה כי הרב דרעי נכנס לתוך מתחם הקהילה ואף נכח בה בשעה שבמקום פרצה תגרה אלימה, אולם בסופו של דבר נשבר וחזר בו בחקירתו הנגדית. כך עלה גם לפי העדויות של כל עדי התביעה, הכוללים שוטרים, יהודים מומרים וגויים שנכחו במקום. בסופו של דבר זוכה הרב מכל אשמה.
