הרוצה לראות בארה של מרים, יעלה לראש הכרמל ויצפה ויראה כמין כברה בים (שבת לה, א). דברי חז"ל אלו, המקשרים את באר מרים הגנוזה במימי הכנרת לדימוי של "כברה", פותחים צוהר להבנה פנימית ומרתקת על מהותה של תורה שבעל-פה, כפי שביאר מרן שליט"א בהזדמנויות שונות.
בסעודת רעוא דרעוין לפני כמה שנים, עמד מרן שליט"א על הדימוי המיוחד: "אני חושב שה'כברה' הזאת היא תורה שבעל-פה. הכברה משמשת לבורר – להבדיל בין פסולת לאוכל. כך גם בתושב"ע, באמצעות כוח הסברא, אנו נדרשים לברור: מה מסתבר ומה לא מסתבר, מה נכנס בגדר ההלכה ומה נותר בחוץ".
על פי דבריו, היחס בין המן לבאר משול ליחס שבין תורה שבכתב לתורה שבעל-פה. בעוד המן, הלחם הרוחני, מסמל את התורה שבכתב, הבאר היא בחינת תורה שבעל-פה המים המרווים, המבארים והמחיים. בזוהר הקדוש (ויצא קמז, ב) מובא כי "באר" מלשון ביאור, וכי היא המבארת את צפונות התורה שבכתב. כיוצא בזה כתב המהר"ם אלשיך ב"תורת משה" (פרשת חקת), כי התורה נקראת לחם ומים, כאשר תושב"כ היא הלחם ותושב"ע היא המים.
הקשר המיוחד בין טבריה, מקום גניזת הבאר, לבין רשב"א ורבי מאיר בעל הנס, מעמיק את הסוד. טבריה, שחז"ל אמרו עליה (ר"ה לא, ב) כי היא "עמוקה מכולן", מהווה מקור לעומק העיון בתורה. מרן שליט"א הוסיף כי בטבריה ישנו עומק גדול להשכיל בתורה, וכי ראייתה של הכנרת מאירה את אור שירת התורה, ייתכן שגם מצד היותה מקום גניזת באר מרים.
בעובדה המפורסמת על האר"י הקדוש ומהרח"ו, מסופר כי רק לאחר שהשקהו האר"י ממי באר מרים בכנרת, נפתחו בפניו מעיינות חכמת הסוד. מרן שליט"א ביאר זאת על פי המדרש במשלי "ונפש רעבה כל מר מתוק": מי שמרעיב עצמו מתאוות העולם הזה, זוכה לכך שכל "מרירות" התורה היינו הקושיות והעמקות המייגעת הופכת למתיקות של הבנה. באר מרים היא הכוח שמאפשר "לבאר" כל חמירא וכל קושיה חמורה שבתורה.
בסיומם של דברים, ביקש מרן שליט"א להשקיט את השמועות הבלתי מבוססות סביב איתור מקום הבאר בכינרת: "אין בדורותינו מי שיכול לומר שיודע היכן באר מרים נמצאת. הלא זה ענין שכולו אתכסיא, ואין אתנו יודע בזה שום דבר".
