מסע ההלוויה הכואב התקיים בירושלים מבית ההלוויות שמגר. בראש המספידים עמד הגאון הגדול ראש הישיבה רבי שאול אלתר שליט"א, אשר סיפר על שיעור שמסר לילדים רק בשבוע האחרון, ובו דיבר על התחזקות בעבודת השם. הוא סיפר כיצד הילד הקדוש טוביה, שהיה כדרכו ילד מיוחד מאוד בתורה ובעבודת השם, לקח לליבו את הדברים והתכונן לקיים אותם להתחזק בתורה וביראת שמיים. "וכרגע כשהוא חזר עלה לשמי מרומים", אמר ראש הישיבה, "הרצון שלו נחשב כמעשה, וודאי ייחשב לו כאילו חי כל השבעים שנה שיכל לחיות".
"הילד היה עדיו לגדולות", הוסיף ראש הישיבה, "והתעתד להמשיך את דרך אביו, שהוא מחנך דגול שהקים ישיבות בישראל" – את הישיבה הגדולה 'פני מנחם' בירושלים שבראשה עומד הגר"ש אלתר, ואת הישיבה הכלל-חסידית בביתר עילית שבראשה עומד הגר"ז שמחה בעצמו.
לאחר מכן הספידו אביו הרה"ג רבי דוד זושא שמחה, אשר דיבר בבכי על המעבר בין השמחה בהקמת בית של האחות הגדולה לבין האבל והטרגדיה. הוא עמד על כך שבפסוק כתוב בפרשת השבוע שרחל מתה בדרך בית לחם, ממש באותו מקום בו נרצח הילד, בין ביתר לירושלים בדרך בית לחם. אמרה לה המיילדת "אל תיראי כי גם זה לך בן". "מה הכוונה?" שאל האב, "למרות שהיא נקראה אל השמיים, היא התנחמה בבנה בנימין, בילד חדש שימשיך את הדורות. כך גם כאן, יחד עם המשך הדורות והקמת בית חדש, נגזר עלינו להיפרד מטוביה".
אבי הילד הוסיף ועורר על כך שצריך להתחזק באחדות, ולהפסיק עם החשבונות בין אדם לחברו, הוא אמר: "בני העוולה לא מבחינים בין מגזר למגזר, באיזה בית כנסת האבא מתפלל ולאיזה חוג הוא משתייך. גם אנחנו צריכים ללמוד לא להבדיל בין אחד לשני, לאהוב את כולם בשווה באהבת חינם ובאחדות ישראל שלמה".
לאחר מכן הספיד הגאון רבי אברהם מרדכי אלתר שליט"א, נכד האדמו"ר ה'פני מנחם' מגור זי"ע, אשר קרא עליו את פסוקי ההושענא שאומרים בסוכות, "הושענא מרוטת לחי הושענא סובלת סבלך ועתה הגענו להושענא פדוית טוביה", וביאר: "טוביה הילד, שיהיה פדיון וקורבן הציבור שלנו. וכמו שבקורבן צריך לעמוד על גביו, כך גם אנחנו צריכים לעמוד על גבי הקורבן ולהבין מהו הקורבן שנדרש מאיתנו, לשוב בתשובה ולהתרומם ולכפר על בני ישראל. כיהודים מאמינים, אנחנו יודעים שהכל נגזר משמיים", המשיך, "ואנחנו מתפללים לקדוש ברוך הוא 'הושענא צאן קדשים', שהקורבן הזה יהיה הפדיון האחרון של עם ישראל בשנה הזו שכל כך הרבה דם נשפך בה, ונזכה כבר לראות בגאולה".
לאחר מכן הספידו אחיו הגדול רבי יחזקאל שמחה, אשר נפרד ממנו בקול בוכים וסיפר על מעלותיו, על המידות הטובות שהצטיין בהן, ועל הקפדתו לקבוע שיעורי לימוד עם אביו ולבד.
עין לא נותרה יבשה כאשר נפרד ממנו אחיו הקטן בן השש, מרדכי, בבכי מר: "היית לומד איתי, היית מחזק אותי, היית מדבר איתי, מהיום אני כבר לא אוכל לדבר איתך יותר".
לאחר מכן הספידו הגאון הגדול רבי מנחם מנדל שפרן שליט"א, מראשי ישיבת 'פני מנחם', אשר קרא עליו את פסוקי הפרידה של דוד מאבשלום "בני בני", שבע פעמים נאמרה שם המילה "בני", ומסבירים חז"ל שהעלהו לשבעה רקיעים. הוא הסביר כי כאשר נפרדים מהילד נוצר קשר מיוחד שמרומם ומחזק ומגביה את הילד לדרגות שלא היו קודם. הוא קרא עליו את הפסוקים "הנאהבים והנעימים בחייהם, ובמותם לא נפרדו", "ייוודע בגויים לעינינו נקמת דם עבדיך השפוך", ודיבר על התחזקות כללית וחשבון הנפש, ותפילה להשם שיאמר לצרותינו די ולא יישמע עוד שוד ושבר בגבולנו.
הספידו גם מנהל תלמוד תורה 'פני מנחם' בנשיאות רבי שאול אלתר, הרב ישראל ענדען, שבו למד הילד הקדוש הי"ד במכינה לישיבה. הוא סיפר על הקושיה ששאל טוביה הי"ד את הר"מ, והר"מ הבטיח לו שלמחרת ייתן לו תשובה, אבל למחרת הוא כבר לא הגיע לכיסא הריק. הוא סיפר גם על הקביעות בלימוד המיוחדת שהייתה לו, על השיעורים שהוסיף – אותו ילד מיוחד במינו שנועד לגדולות.
הספידו כמו כן ר"מ המכינה לישיבה, הגאון רבי שמעון רוטנשטיין, אשר סיפר על החברותא שהייתה להם מדי יום בהפסקות. "למרות שהייתה קצרה, רק כרבע שעה-עשרים דקות, אבל הייתה איכותית", אמר. הוא סיפר שהילד באחד הימים האחרונים בחייו, כשהגיע מאוחר לתלמוד תורה בגלל השמחה המשפחתית, רץ ולקח קצות החושן בהפסקה והתיישב לבדוק בספר, עוד לפני שנפנה לאכול את ארוחת הבוקר. הוא הסביר: "אני חשבתי על איזשהו תירוץ לקושיה, אני רוצה לבדוק מהר, לפני שאני אשכח, אם התירוץ נכון". הוא נפרד ממנו, וביקש מחילה בשם כל הילדים.
מסלול ההלוויה עבר דרך בית המדרש בנשיאות הגר"ש אלתר שליט"א ברחוב יוסף זיו בירושלים שם אמר קדיש ראש הישיבה , ולאחר מכן להר המנוחות לקבורה סמוך לקבר סביו שנקרא על שמו. תהא נשמתו צרורה בצרור החיים.
