בערב יום הקדוש שיגר מרן שליט"א מכתב תנחומין לבני משפחת הקדוש הרב רפאל מרדכי פישהוף הי"ד. ראש הישיבה כתב במכתבו "ודאי שהוא מהצדיקים שמתייסרים לכפר על דורם, וביחוד בשעת הגזירה שאנו נמצאים בעת חרון אף ה' בלהט החרב המתהפכת על עמו ונחלתו".
דקות לכניסת היום הקדוש העתיר מרן שליט"א על תורמי קופות צדקה שונות. מרן שליט"א אמר כי רואים בהפטרה של יום כיפור שעניינו של יום זה "בין אדם לחבירו" ומרן שליט"א קרא ברגש את הפסוקים "הלא פרוס לרעב לחמך ועניים מרודים תביא בית".
לאחר מכן נפנה מרן שליט"א לבית מדרשו וניגש לפני העמוד לתפילת 'כל נדרי'. התרגשות רבה אחזה בקרב המסתופפים בצלו של ראש הישיבה עת נשמע קולו בעת ברכת "שהחיינו" על קדושת היום, כשקולו נשנק מדמעות של התרגשות. קודם תפילת מעריב נשא ראש הישיבה דברי התעוררות קצרים ונרגשים.
במהלך כל היום הקדוש שהה ראש הישיבה בהיכל בית מדרשו, כשבזמן ההפסקה בין תפילת מוסף לתפילת מנחה, שהה מרן שליט"א בחדרו שבבנין הישיבה. מרן שליט"א עלה לעליית שלישי במנחה וקרא את הפטרת יונה.
דקות לפני תפילת נעילה אמר מרן שליט"א: "אם בשנה שעברה היינו מתאמצים יותר בנעילה מי יודע כמה גזירות היינו יכולים לבטל, כמה דמעות של צער יכולנו לחסוך. הבה ונתאמץ יותר ושהשנה הזו תהיה שנה יותר טובה עם פחות גזירות קשות".
במהלך תפילת נעילה משנוכח ראש הישיבה שהשעה מתאחרת, שלח להודיע לבעל תפילה שלא יאריך וישתדל לקצר לסיים בזמן, מפני טורח הציבור המתענים. לאחר הבדלה במעונו בירך ראש הישיבה את תלמידיו לפתקא טבא ואגוט יאר.
