פטירתו הפתאומית של הגאון רבי אהרן אפללו, הכתה בתדהמה את כל מכריו ותלמידיו הרבים. הרב אפללו זצ"ל, זכה להעמיד תלמידים הרבה בישיבות בהן לימד, וגם בתקופה האחרונה לימד בשתי ישיבות במקביל, והיה מתאמץ ונוסע ממקום למקום כדי להרביץ תורה ברבים ולהוסיף עוד ועוד זכויות בעם ישראל.
הרב אפללו זצ"ל, התבשר על לידת נכדו בלילה שלפני פטירתו. שעות אחדות לאחר מכן כבר הגיע לישיבה בראש העין כדי ללמד את תלמידיו, למרות החולשה הגדולה שנפלה עליו. הוא הגיע במסירות נפש והתנהל כמו בכל יום רגיל. בשלב כלשהו גברה עליו החולשה, הוא הניח את ראשו לרגע כדי לאגור כוחות, ואז קרס תחתיו והשיב נשמתו ליוצרה.
מאמצי ההחייאה שנערכו בלב לבו של בית המדרש, לעיני התלמידים המזועזעים, נמשכו כ-40 דקות, אבל לא הניבו את התוצאה המצופה. לאנשי הרפואה לא נותר אלא להעביר אותו לבית החולים בילינסון בפתח תקווה, שם נקבע מותו כעבור זמן קצר.
הרב אפללו היה מרביץ תורה בכל רמ"ח אבריו, נודע במסירותו הרבה לכל בחור ובחור אותם נהג לקרב ולהעריף עליהם חום ואהבה.
התגורר בבית שמש ונחשב לאחד מרבני העיר, ובאופן מיוחד היה מרבני בית המדרש הנודע 'מזרח שמש', בו הרבה למסור שיעורים והשפיע רבות על בית הכנסת ומתפלליו.
ההלוויה יצאה מהישיבה בה הרביץ תורה ובה התמוטט ונפטר, ולאחר מכן מבית המדרש 'מזרח שמש' שבעיר בית שמש, בה נטמן.
בפטירתו הותיר אחריו את רעייתו הרבנית חוה שתחי'ה, ושמונת ילדיו, שארבעה מהם נישאו והקימו בתים משלהם, וארבעה נוספים עדיין בבית ההורים, כולם בגיל השידוכים, והצעיר מביניהם כבן 18 שנה.
לנוכח הטרגדיה הקשה ואובדן מטה לחמה של המשפחה האבלה, נחלצו תלמידיו של הרב להקים קרן עזרה וסיוע לטובת האלמנה והיתומים, כדי שיוכלו להמשיך ולהתקיים, ובעז"ה אף להתחתן בכבוד בהגיעם לפרקם.
הציבור נקרא לעזור ולסייע יותר מכפי היכולת, כדי שלא יהא חלילה צדיק נעזב וזרעו מבקש לחם.
