על רקע החלטת ממשלת ישראל להכיר ברצח העם הארמני, נשמעת ביקורת מצד גורמים בקהילה היהודית באזרבייג'ן וגם מצד מומחים ישראלים למדיניות חוץ וביטחון.
פרופ' אפרים ענבר, נשיא מכון ירושלים לאסטרטגיה ולביטחון ומומחה ליחסי ישראל-טורקיה, אמר כי מדובר ב"טעות ילדותית וקטנונית" שעלולה לגבות מישראל מחיר מדיני. לדבריו, ההחלטה נראית כניסיון "להכות בטורקים", אך בפועל עלולה לפגוע דווקא באזרבייג'ן, שאותה הגדיר כ"נכס אסטרטגי" וכמדינה המקיימת עם ישראל ברית עמוקה.
ענבר הוסיף כי מדיניות חוץ אינה צריכה להתנהל מתוך נקמנות היסטורית, אלא על בסיס אינטרסים עכשוויים. לדבריו, אם ישראל מבקשת לפעול מול טורקיה, עליה לעשות זאת "בשקט ובשכל", ולא באמצעות מהלכים הצהרתיים שעלולים להרחיק גורמים מתונים ולפגוע בידידות אסטרטגיות.
במקביל, ראשי שלוש הקהילות היהודיות באזרבייג'ן פנו לחברי הכנסת בקריאה שלא לתמוך ביוזמות להכרה ברצח העם הארמני. על הפנייה חתומים יו"ר קהילת יהודי ההרים בבאקו מיליך יבדאייב, יו"ר הקהילה האשכנזית אלכסנדר שרובסקי ויו"ר הקהילה הספרדית הרב זמיר איסייב.
בפנייתם טענו ראשי הקהילות כי סוגיות היסטוריות מורכבות צריכות להיבחן בידי חוקרים והיסטוריונים, ולא להפוך להכרעות פוליטיות. לדבריהם, מהלך כזה עלול לפגוע באמון בין ירושלים לבאקו, בתקופה רגישה שבה נמשכים המאמצים לקדם שלום בין אזרבייג'ן לארמניה.
הרב זמיר איסאייב חיזק את המסר בריאיון ל-JNews ואמר כי "סוגיות היסטוריות אינן צריכות להפוך להחלטות פוליטיות". לדבריו, הכרעות כאלה עלולות להפוך מחלוקות היסטוריות לכלי בזירה המדינית, במקום להותיר אותן למחקר מקצועי ולדיון היסטורי.
הביקורת מצד פרופ' ענבר ומצד הקהילות היהודיות באזרבייג'ן מצטרפת לגינוי הרשמי שפרסמה באקו לאחר החלטת הממשלה. באזרבייג'ן טענו כי מדובר במהלך הפוגע ביחסים עם ישראל, וקראו לירושלים לשקול מחדש את ההחלטה.
גם ראש ממשלת ארמניה, ניקול פשיניאן, נמנע מלברך על החלטת ישראל, ואמר כי ארצו מתנגדת להפיכת סוגיית רצח העם הארמני לכלי פוליטי.
