ספר דרכי נועם מבאר את המאמרים דאגדתא דרבה בר בר חנה הנמצאים במסכת בבא בתרא פרק המוכר את הספינה, בארבעת חלקי התורה, פשט רמז דרש סוד, ובתוכם ביאר הרהמ"ח עוד הרבה מאגדות חז"ל המפוזרים בש"ס ומדרשים, כמו כן האריך בספרו בדברי מוסר וחכמה בשבח המידות הטובות ובגנות המידות הרעות, והניף קולמוסו בשבט ביקורת על הליכות ומנהגים לא טובים אשר היו נפוצים באותה העת וכגון על השוחטים והחזנים, ובעלי הממון ושררה ורבנים מטעם אשר לא נהגו כדת.
נתחבר ע"י הגה"ק רבי שמואל בן רבי אליעזר מקלווריעא זצוק"ל ונדפס בקיניגשבערג בשנת תקכ"ד, וזכה להסכמה מאדונינו הגר"א מוילנא שכינהו בהסכמה בתואר "גברא רבה", ובסיום המכתב כתב בזה"ל "ויפיק רצון מה' להוציאו לאור להחיות עם רב ולזכותו לראות בנועם ה' ולבקר בהיכלו". יש לציין שהסכמה זו היא אחת משני הסכמות שכתב הגר"א לספרים, והסכמה נוספת חוץ מספר דרכי נועם היא ההסכמה שכתב אדונינו הגר"א לספר אור השנים להגה"ק ר' אריה לייב עפשטיין זצוק"ל בעל "ספרי הפרדס".
מאז שנת תקכ"ד נדפס הספר שוב פעם אחת בלבד במהדורת צילום בשנת תשמ"א ע"י הגאון הצדיק רבי אליהו מאיר קליימן זצ"ל. ובחסד ה' זכינו ובס"ד הגיע לידינו עותק מדפוס ראשון של הספר משנת תקכ"ד וע"פ עותק זה הגהנו את הספר בנפה אחר נפה.
מלבד ההגהה של הספר נוספו ציונים ומראי מקומות בכל המקומות שציין רבינו המחבר זצוק"ל לפסוקים או דברי חז"ל וכדומה מלבד המקורות שציינם הרהמ"ח בעצמו.
יש לציין שספר זה נדפס לבקשתו של מרן שר התורה הגר"ח קניבסקי זצוק"ל, וגופא דעובדא הכי הוה. שמרן זצוק"ל ביקש מתלמידו הקרוב הגאון רבי יצחק אוהב ציון שליט"א, שחיבר ספרים רבים מתורתו של רבינו הגר"ח זצוק"ל, להדפיס מחדש את ספר "אור השנים" של זקנו בעל הפרדס הגה"ק רבי אריה לייב עפשטיין זצוק"ל אשר זכה להסכמה מהגר"א מוילנא. ואחר שנדפס ספר זה מחדש, ביקש להדפיס גם את ספר "דרכי נועם" אשר גם הוא זכה להסכמה מהגר"א מוילנא.
בריש הספר קבע המחבר מאמר ארוך ומקיף אשר נקרא "מקורו טהור", ובו סקירה מקיפה על כל הספרים אשר נדפסו והוהדרו מחדש ורבינו הגר"ח קניבסקי כתב בהם המקורות, ושם מבואר גודל מעלת ועוצמת ידיעת התורה של רבינו הגרח"ק זצוק"ל בכל חלקי פרד"ס התורה.
