במסגרת חקירת תיק הצוללות, הפעילה היחידה החוקרת במשטרה כמות גדולה של רוגלות על מכשירי סלולר רבים וחרגה מהצווים שנתן בית המשפט, כך לפי דיווח היום (שלישי) בחדשות 12. לפי הדיווח, השימוש בתוכנות נעשו בענייני מפקד חיל הים לשעבר אלוף במיל, אליעזר צ'ייני מרום, בעניינו של מחולל הפרשה מיקי גנור, וגם בעניינה של עליזה בר יוסף, אשתו של סגן ראש המל"ל לשעבר.
במכתב ששלחה לעורכי דינם של מרום וגנור הפרקליטות הודתה בחריגה ובשימוש ברוגלות. במכתב הפרקליטות צוין מספר תאריכים בהם הוציא השופט טל אברהם צו האזנת סתר לתקשורת בין מחשבים בנוגע למיקי גנור בשנת 2017, ואז כותבת: "הפעולה הטכנולוגית שבוצעה בעקבות הצווים הנ"ל, באמצעות מערכת טכנולוגית שבשימוש המשטרה, הניבה תוצרים".
הפרקליטות מבהירה כי "במסגרת מימוש הצווים האמורים, ביצעה המערכת פעולות מסוימות החורגות מגדרי הצווים, ביניהן פעולות הכוללות – נוסף על האזנת סתר ותקשורת בין מחשבים – גם קבלת אנשי קשר, הודעות, פתקים ומספר פרטי מידע נוספים שהיו אגורים בטלפון הסלולרי של מיקי גנור. מידע נוסף זה לא הועבר לצוות החקירה".
