ביקורת נוקבת מופנית ביממה האחרונה כלפי היועצת המשפטית לממשלה, גלי בהרב-מיארה, סביב המעורבות המשפטית בהליכי מינוי ראשי הזרועות הביטחוניות. בעוד הדיון הציבורי מתמקד לרוב במישור המשפטי, פרשנים מצביעים כעת על מה שמכונה "נזק פנימי עמוק" שנגרם למוסד ולשב"כ כתוצאה מהתנהלות זו.
הניסיון לסכל את זיני על פי הביקורת, המאבק נגד מינויו של זיני לראש השב"כ חצה קווים אדומים. הטענה המרכזית היא שסגן ראש השב"כ והיועמ"ש של הארגון, בתמיכת היועמ"שית, העבירו לוועדת גרוניס הקלטת סתר של המועמד. גורמים המעורים בפרטים טוענים כי חוקיות השימוש בהקלטה זו מוטלת בספק רב. בסופו של דבר, הוועדה מצאה את ההקלטה כחסרת משמעות וקיבלה את הסבריו של זיני, אך ה"נזק" כבר נעשה: יצירת קרע בין הדרג הפיקודי לבין המיועד לראשות הארגון.
אירועי הערב במוסד – הודעתו של ראש המוסד הנכנס, רומן גופמן, על סיום תפקידו של סגנו (א') – נתפסים על ידי רבים כתוצאה ישירה של אותו מאבק. לפי הדיווחים, א' היה שותף פעיל לניסיונות לסכל את מינויו של גופמן בדרגים המשפטיים. נטען כי במסגרת המאמץ הזה, נעשה שימוש במידע "סודי" שהועבר באמצעות יועמ"ש המוסד, מידע שנדחה על ידי שופטי בג"ץ שדנו בעתירות נגד המינוי.
הביקורת המרכזית המופנית לעבר היועצת המשפטית לממשלה אינה נוגעת רק לעצם הליווי המשפטי, אלא לאופן שבו הוא הפך לכלי מעורב במאבקים פנימיים. המבקרים טוענים כי: שיתוף הפעולה עם בכירי ארגונים בניסיון לסכל מינויים של מועמדים שמונו על ידי הדרג המדיני יצר משבר אמון בין ראש הארגון לבכיריו. האווירה שנוצרה מאלצת ראשי ארגונים לעבוד עם אנשים שפעלו באופן גלוי נגד כניסתם לתפקיד, מה שעלול לפגוע ביציבות הארגונית בזמן חירום.
המבקרים מזכירים את נאום כניסתה לתפקיד של בהרב-מיארה, בו הציבה את השבת "אמון הציבור במערכת המשפטית" בראש סדר העדיפויות שלה, ומצביעים על כך שבפועל, לשיטתם, התוצאה הפוכה.
בעוד במוסד ובשב"כ מנסים לשדר עסקים כרגיל ולהתמקד באתגרים המבצעיים – בראשם המערכה מול איראן – הסערה סביב התנהלות הייעוץ המשפטי לממשלה צפויה להמשיך להעסיק את המערכת הפוליטית והביטחונית בתקופה הקרובה.
