בשנת תשע"ד, התקיים מפגש מיוחד בין מרן ראש הישיבה חכם שלום כהן זצוק"ל לבין מרן ראש הישיבה הגאון רבי מאיר צבי ברגמן, מזקני חברי מועצת גדולי התורה. היה זה בתקופה בה הקים בנימין נתניהו ממשלה יחד עם יאיר לפיד, שכרת ברית אחים יחד עם נפתלי בנט, וביחד המיטו על עולם התורה גזירות קשות ובראשן גזירת גיוס בני הישיבות.
המפגש המיוחד התקיים במסגרת הכינוס השנתי של ארגון "לב לאחים", כשמרן ראש הישיבה חכם שלום כהן ישב בסמיכות למרן הגרמ"צ ברגמן. חכם שלום פנה למרן הגרמ"צ ואמר לו: "אנחנו תלמידים של חמיכם מרן הרב שך זיע"א. כל דבר בישיבה שאלנו את פיו. ככל היוצא מפיו יעשה".
חכם שלום אמר גם למרן הגרמ"צ: "אני מסתכל בספר שלכם 'שערי אורה', דבש ונופת צופים". לאחר מכן שאל חכם שלום את מרן הגרמ"צ: "האם כבודו שמע מחמיו זצ"ל אודות נושא גיוס בני הישיבות?".
מרן הגרמ"צ השיב לחכם שלום: "זה היה בשנת תשנ"ח, אז עלה נושא גיוס בני הישיבות, ומו"ח זצוק"ל אמר לי בזו הלשון 'כשיגיע הזמן בו ראשי השלטון ינסו לבצע את זממם ולגייס את בני הישיבות, תפרסם בשמי שזו שעת שמד וצריך למסור את הנפש על זה כהלכות קידוש ה' ביו"ד'". חכם שלום זצ"ל הגיב: "זכותו תגן עלינו בשעה זו".
נו אז מה יגידו על זה "יהדות התורה" של היום?
פלא שמרן הרב שך זצ"ל לא אמר הדברים ברבים ולא בשום מכתב ?
על גיוס בנות כתב מכתב יהרג ואל יעבור ולא כלל במכתב בנים ?
הוא היה נשיא ועד הישיבות והשתתף בכל האסיפות – למה לא אמר להם ההלכה ?
מה הכוונה למסור נפש?
באותה תקופה התפרסם מכתב מרבנים בשמו, כגון מרנן ורבנן הגרי"ש אלישיב הגרמי"ל לפקוביץ ועוד
בשנת תשנח הרב שך לא כתב שום מכתב הוא היה ס"ת שרוי בחולי, וכששמע שכעת דנים על גיוס אמר לחתנו ממיטת חוליו את מה שאמר, הדבר נתפרסם עוד בזמנו וכן בתקופה האחרונה , מפי חתנו הגדול, חבל להטיל ספק בצדיק ודבריו
הם מכחישים שהיה כזה דבר, מסכנים…