בספרו "גאוני משפחת אביחצירא" חושף הרב מיארה, כי רבי יצחק התגורר בטבריה ונשא שם לאשה את בתו של הגה"ק רבי רפאל חיים משה בן נאים, מגדולי חו"ר טבריה שנתמנה לאחר מכן לרב ואב"ד בעיר ג'יברלטר. נכדתו האחרת של הרב בן נאים, בת לחתנו רבי משה כלפון, נישאה לרבי יחייא אביחצירא בנו של מרן הגה"ק רבי אברהם אחיו של רבי יצחק.
על הזמן ששהה רבי יצחק בטבריה, חושף הרב מיארה בשנה זו במכתב שמתפרסם כעת לראשונה לאחר שהראהו לנשיא המכון בנש"ק רבי חיים שמעון פינטו, בשבוע שעבר. המכתב מיום כח סיון תר"ס, מופנה לראש"ל הרב יעקב שאול אלישר בנושא המחלוקת המפורסמת שהילכה בטבריה בין תומכי הרב אהרן בכור אלחדיף לבין רבי שלמה רחמים אבואלעפייא בענין הרבנות. במכתב זה המוצג לפני כן, ניתן לראות את רבי יצחק חותם ראשון.
מכתבים נוספים בענין זה שנחשפים בימים הקרובים בספרו של הרב מיארה "גאון יעקב", מלמדים רבות על הקשר שהיה גם לרבי אברהם אביחצירא לרב אבואלעפייא עד אשר האחרון שהיה סגי-נהור הפקיד את חתימתו בידי רבי אברהם שכן רק עליו סמך.
