חיסולו של אסימאעיל הנייה התבצע על ידי אנשי מוסד בלב טהרן. הנייה התארח במתחם אירוח מאובטח של משמרות המהפכה בשכונת סעאדת אבאד בבירה האיראנית במתחם מוקם גדרות ומערכות הגנה ואבטחה מתקדמות.
לאחר שהתקבל האישור לחסל את מנהיג חמאס חו"ל בימים הראשונים למלחמה, נדרשו אנשי המוסד למצוא את המקום המתאים לביצוע החיסול. הנייה נדד באותם ימים בין ארבע בירות מרכזיות, דוחא, איסטנבול, מוסקבה וטהרן. במוסד הבינו כי חיסולו בקטר עלול להוביל לפגיעה בעסקת חטופים ולפיכך צעד זה ירד מן הפרק,גם טורקיה ורוסיה נחשבו למקומות לא אידיאלים לחיסול בעקבות החשש מתגובת ארדואן ופוטין.
רונן ברגמן חשף בחדשות 12 כי במוסד זיהו כי הנייה נוהג להגיע בקביעות לאותו מתחם אירוח בטהרן וללון בחדר מסוים, כך התאפשר לאנשי המוסד להתחיל בתכנון הפעולה לחיסולו בחדר בו נהג לשהות. האבטחה סביב המתחם הדוקה ביותר כאשר אנשי יחידת העילית של משמרות המהפכה, אנסאר אל-מהדי, מאבטחים את כל המרחב שסביב המתחם השמור.
שבועות לפני הגעתו של איסמעיל הנייה לטהרן לרגל הכתרתו של נשיא איראן החדש מסעוד פזשכיאן, הוטמנה בחדרו פצצה גדולה מהמתוכנן בשל אילוצים טכניים. ברגמן אמר אמש כי "בגלל שלא היה בנמצא מטען בגודל המתאים, שמו שם מטען קצת יותר גדול".
רגעים לפני השלמת המבצע וחיסול הנייה, הכל השתבש לפתע. המזגן בחדר בו היה אמור לשהות התקלקל. אנשי המוסד צפו בחרדה במתחולל כאשר הם חוששים כי הנייה יועבר לחדר אחר וכל המבצע ירד לטמיון. לבסוף בסייעתא דשמיא, ברוך ה' המזגן תוקן, והנייה חזר לחדר המקורי בו נהג לשהות וישן בו עד להפעלת המטען רב העוצמה.
סמוך לשעה 1:30 לאחר חצות פיצוץ עז מרעיד את המתחם, מתאר ברגמן. אנשי צוות העזרה הראשונה מוזעקים לחדרו של הנייה אולם לאחר דקות נאלצים לקבוע את מותו. מי ששוהה עוד במתחם המאובטח הוא בכיר נוסף בזרוע המדינית של חמאס, ח'ליל אל-חיה. הוא מגיע לחדר בעקבות שמיעת הפיצוץ ורואה את מנהיג התנועה מוטל דומם כפגר.
בעקבות החיסול בלב טהרן, המשטר האיראני בפאניקה. מפקד כוח קודס יורד למחתרת ונעלם כאילו בלעה אותו האדמה לשלושה שבועות. בתחילה היו דיווחים כי הוא נחקר בחשד למעורבות באירוע אולם ככל הנראה הדבר נבע מחשש שאף הוא יעד לחיסול.
עד היום נותרה באיראן התעלומה מי סייע למוסד לבצע את החיסול המדהים שבסייעתא דשמיא הביא למותו של המחבל המתועב. במשמרות המהפכה מנסים להבין מי הכניס את הפצצה לחדר בו שהה הנייה. החשודים העיקריים הם תושבים מהאזור, אנשי משמרות המהפכה עצמם ואנשי חמאס באיראן.
זמן קצר לאחר החיסול אמר המנהיג העליון של איראן כי ארצו תתקוף את ישראל לאחר שסבר בטעות כי החיסול בוצע על ידי טיל. לאחר שצוות חקירה מגיע למקום ומסיק כי החיסול לא בוצע על ידי טיל אלא באמצעות לבנת חבלה שהוברחה לתוך החדר של הנייה נוצרה באיראן מבוכה.
ועל זה נאמר "והעיר שושן נבוכה"………
אוףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףףף