הערב הודיעה לשכת ראש הממשלה כי מי שיוביל את צה״ל אחרי המחדל הביטחוני הגדול בתולדות המדינה, הוא מנכ״ל משרד הביטחון, האלוף במיל׳ אייל זמיר, שחוזר למדים – כדי לקבל את דרגות רב אלוף.
"ראש הממשלה בנימין נתניהו ושר הביטחון ישראל כ״ץ סיכמו הערב על מינויו של האלוף במיל׳ אייל זמיר לרמטכ״ל הבא של צה״ל", נמסר בהודעה מלשכת רוה"מ.
בנובמבר 2012 מונה למזכיר הצבאי (בדרגת אלוף) של ראש הממשלה. בנימין נתניהו. בתקופה זו ביצע צה"ל את מבצע "שובו אחים" ו"צוק איתן". ב-3 בספטמבר 2015 סיים את תפקידו כמזכיר הצבאי.
ב-14 באוקטובר 2015 נכנס לתפקידו כמפקד פיקוד הדרום. בשלהי כהונתו החלו העימותים בגבול ישראל – רצועת עזה, והושם המיקוד על איתור וסיכול מנהרות התקפיות חוצות גדר ועל הקמת מכשול אינדקטיבי בגבול עם הרצועה והתמודדות עם הפגנות הטרור בגבול. ב-6 ביוני 2018 סיים את תפקידו כמפקד פיקוד הדרום.
ב-13 בדצמבר 2018 מונה לסגן הרמטכ"ל, ומילא את התפקיד עד 11 ביולי 2021. בתקופת כהונתו הוביל תהליכי בניין כוח במסגרת תר"ש "תנופה", הוביל וגיבש את תפיסת ההפעלה כנגד איראן שאומצה על ידי הרמטכ"ל ושר הביטחון ושימש כסגן הרמטכ"ל במסגרת מבצע "שומר החומות".
זמיר לא נתפס כמובילי הקונספציה. בנאום שנשא זמיר עם סיום תפקיד סגן הרמטכ"ל הוא ציין כי מדינת ישראל עלולה לעמוד בפני מערכה כבדה, ארוכה, רב-זירתית, משולבת באתגרי פנים, במתארי עורף-חזית ועומק. לשם כך, אמר זמיר, יש צורך ביכולת הכרעה, אורך נשימה, עתודה חזקה, יכולות טכנולוגיות מתקדמות, ומסה קריטית של איכות וכמות אנושית. בחודש מאי 2022, בעבודה שפרסם זמיר כעמית מחקר במכון וושינגטון למדיניות המזרח התיכון, הוא הצביע על שבעה עקרונות, הנדרשים לניצחון על איראן במערכה האזורית. בעבודה ציין זמיר את הצורך להכיר כי מדובר במערכה מתמשכת, רב-זירתית, ורב-תחומית, והדגיש את החשיבות הרבה לפעולה רב-ממדית, להחלשת יכולותיה ולפגיעה בשלוחותיה באמצעות הפעלת לחץ ישיר ועקיף עליהן.
בדצמבר 2016 נערך תרגיל גדול של פיקוד הדרום. התרחיש: חדירה משבע נקודות פריצה בתת קרקע ועל קרקע. כיבוש חלק מהעיר שדרות כולל תחנת משטרה.
חדירות לקיבוץ בארי. חדירות מהאוויר ומהים. מי שיזם את התרגיל הוא אלוף פיקוד הדרום אייל זמיר.
ראש האופוזיציה יאיר לפיד בירך על המינוי:"מברך את אייל זמיר, האדם הנכון לתפקיד. עם ישראל כולו מאחוריך".
יו"ר המחנה הממלכתי ושר הביטחון לשעבר, בני גנץ מברך על בחירתו של אייל זמיר לרמטכ"ל ה-24 של צה"ל: "מפקד מנוסה, ערכי ובעל ראיה אסטרטגית רחבה – בטוח שיקדם את גיוס החרדים וכלל האוכלוסיות, ושישמור על צה"ל כצבא העם".
תכל'ס, בלי כל הבלבולים – הוא ימני או לא? יוביל אותנו לניצחון או לא? זה מה שחשוב…
אם אין בגץ על המינוי.
מה זה אומר?
לא חשבנו אחר זמיר או ידעי ? ברור שזמיררררררר
עוד שמאלן מה"מערכת"..
תראו ציטוטים שלו מהעבר. הבנאדם תומך בלסכן חיילים כדי לא "לפגוע בחפים מפשע".
אותה קונספציה.
נו נו
עוד שמאלן מהמערכת
לפחות ברור שמהמדינה הזאת לא תבוא הגאולה
גלות בעיצומה
אם האופוזיציה בירכו, כנראה שהוא משלהם..
באשר אבדנו, אבדנו..