הרמטכ"ל אביב כוכבי, קיים תחקיר ראשוני בנקודה בה נהרג הלילה (שני), לוחם צה"ל, סמל-ראשון נתן פיטוסי ז"ל.
בתחקיר השתתפו מפקד פיקוד המרכז, אלוף יהודה פוקס, מפקד מערך התמרון והגיס הצפוני, אלוף סער צור, מפקד אוגדת יהודה ושומרון, תת-אלוף אבי בלוט, מפקד עוצבת הבזק, תת-אלוף ברק חירם, מפקד חטיבת מנשה, אלוף-משנה אריק מויאל ומפקד חטיבת כפיר, אלוף-משנה שרון אלטיט.
מהתחקיר הראשוני עולה כי האירוע התרחש במהלך פעילות מבצעית בקו התפר, במסגרתה עזב סמ"ר נתן פיטוסי ז"ל את עמדת השמירה ועם חזרתו לעמדה, זוהה ע"י לוחם אחר, כחשוד.
כתוצאה מהטעות בזיהוי, הלוחם ביצע ירי לעברו של פיטוסי ז"ל. מיד לאחר הפגיעה, עם הבנתו של הלוחם היורה, כי מדובר בטעות בזיהוי, דיווח על האירוע למפקדיו אשר הזעיקו טיפול רפואי לנקודה. הצוות הרפואי הגיע בתוך דקות והעניק ללוחם טיפול רפואי ראשוני בשטח. לאחר מאמצי החייאה רבים, פונה סמל-ראשון נתן פיטוסי ז"ל לבית החולים ושם נקבע מותו.
במסגרת התחקור הראשוני, מינה מפקד פיקוד המרכז את אל"ם לירון ביטון, מפקד חטיבה 55 ובסיס האימונים הפיקודי ׳לכיש׳, כראש צוות המומחים. מסקנות הצוות יוצגו בפני הרמטכ"ל.
גם המשטרה הצבאית פתחה בחקירה של נסיבות האירוע, בסיומה יועברו ממצאיה לבחינת הפרקליטות הצבאית.
בתום ביקורו, אמר הרמטכ"ל: "אני שולח את תנחומיי העמוקים למשפחתו של נתן פיטוסי ז"ל. האירוע הלילה, הוא חמור, קשה ומצער מאוד ואנו נתחקרו ביסודיות ובמקצועיות – השמירה על אנשינו היא חלק בלתי נפרד מיכולתנו המבצעית להגן על תושבי מדינת ישראל".
