בעקבות הפיגוע בבקעת הירדן, ארגוני הטרור הוציאו הודעות ברכה. בחמאס בירכו על הפיגוע וכינו אותו "פיגוע גבורה חדש בבקעת הירדן שבא במסגרת הגברת פעולות ההתנגדות הפלשתינית נגד הכובש הציוני, ובתגובה לפשעיו בעיקר במסגד אל-אקצא".
בארגון שיבחו את "הצעירים המתקוממים שעשו את הפיגוע המכונן ושהוכיחו את היכולת של עמנו להמשיך בעימות ובהתנגדות בכל רחבי הגדה המערבית. הפיגוע מראה שכל ניסיונות הכיבוש לעצור את פעולות ההתקוממות בגדה לא יצליחו, ושמבצע שובר גלים נכשל".
גם בג'יהאד האסלאמי ברכו: "רוח הלחימה של הגיבורים שביצעו את הפיגוע מדגיש שההתנגדות נמשכת ושהתוקפנות הישראלית לא תצליח לעצור אותה".
בתוך כך, מתחקור ראשוני של האירוע שהתפרסם עולה כי הטנדר בו נסעו המחבלים נסע מאחורי האוטובוס, עקף אותו ואז ביצע ירי. האוטובוס נעצר, ואז המחבלים שפכו דלק וניסו לשרוךף את האוטובוס. החשודים נתפסו סמוך לטנדר השרוף, לאחר שככל הנראה בקבוק תבערה התקלח בתוך רכבם. בתוך הטנדר נתפסו שני נשקים.
טירוני חטיבת כפיר, שהיו על האוטובוס בדרכם לבא"ח כפיר בבקעות, התגייסו לפני שבועיים ולא היו חמושים. מתחקיר הפיגוע עולה כי המפקדים החמושים השיבו באש לעבר המחבלים, שכנראה ירו עשרות כדורים לעבר האוטובוס, שלא היה ממוגן ירי.
המחבלים שנתפסו הם מביר אל-באשה, תושב זבאבדה שבצפון השומרון, ואבו אל-וליד אל-ג'וודרה, תושב מחנה הפליטים ג'נין. ההערכה בצהל היא שהיה עמם חבר חולייה שלישי וכי הוא מתחבא באחד המטעים. המצוד אחריו נמשך.
שימותו כולם שהק"בה ישלם להם עם הכול שביום הדין לכולםםם הדין יהיה מיתה אמןןןןןןןןןןןןןןןןןןןן,