התגובה החריגה שפרסם המוסד הבוקר (חמישי) לדברים שאמר יו"ר ישראל ביתנו אביגדור ליברמן עוררה הדים במערכת המדינית והביטחונית. במוסד הבהירו כי דבריו של ליברמן על פעילות הארגון מול קטאר "מופרכים ומשוללי יסוד", ובמקביל תקפו לראשונה באופן פומבי את קטאר עצמה – צעד נדיר מצד ארגון הביון.
לפי הודעת המוסד, קטאר אינה רק המדינה שמאחורי רשת "אל‑ג'זירה", אותה הגדירו ככזו ש"מעודדת שנאה, אנטישמיות וטרור", אלא גם גורם מרכזי ב"הפצת תודעה שקרית והסתה נגד ישראל בפלטפורמות רבות". במוסד הדגישו כי בניגוד לרושם שנוצר, הארגון לא "הגן" על קטאר בשנים האחרונות, אלא ראה בה מדינת אויב המארחת בכירי טרור ופועלת לקידום אג'נדות אנטי‑ישראליות.
עם זאת, גורמים המעורים בפרטים מסבירים כי לאורך השנים המוסד ניהל קשרים עם קטאר מתוך אחריות לאומית, בעיקר בשל תפקידה המרכזי בתיווך בעסקאות חטופים. מאז 7 באוקטובר, קטאר נחשבה לגורם בעל מנופי לחץ משמעותיים על חמאס, ולכן במוסד נמנעו מביקורת פומבית שעלולה הייתה לפגוע במגעים.
לדברי אותם גורמים, גם בדיונים פנימיים בישראל על סגירת "אל‑ג'זירה", המוסד תמך במהלך אך ביקש לדחותו עד לאחר החזרת החטופים, מחשש לפגיעה בתיווך הקטארי.
העימות הנוכחי פרץ בעקבות טענת ליברמן כי בפגישה שנערכה לאחרונה בניו יורק בין ראש המוסד לבין נציגי קטאר הוחלט על הקמת "קבוצת תקשורת" שנועדה לשפר את דימוי קטאר. במוסד דחו זאת בחריפות ואמרו כי בפגישה נשמעו דווקא טענות קשות מצד ישראל וארצות הברית כלפי קטאר, כולל דרישה לפעול נגד הסיקור העוין של "אל‑ג'זירה".
במוסד הדגישו: "לא נעשו שום הנחות לקטארים. כל מה שעלול היה לפגוע בחיי החטופים הועמד מעל לכל שיקול אחר – אך מעולם לא פעלנו לשיפור תדמיתה של קטאר".
ליברמן מצדו מסר כי הוא עומד מאחורי דבריו.
קטאר מדינת אוייב אסור לנו להיות בקשרים איתה. עם הכסף שלהם שיחפשו מדינה אחרת. טרור הם