גם במערכת הפוליטית הגיבו בצער ובתדהמה עם היוודע דבר הסתלקותו של מרן זצוק"ל. מרן זצוק"ל היה מוקד עליה לרגל גם עבור המערכת הפוליטית. רבים מהפוליטיקאים בישראל נהגו להסתופף בצילו ולהיוועץ עימו במגוון נושאים. מרן קיבל את כולם בסבר פנים.
נשיא המדינה יצחק הרצוג: "אני אבל על לכתו מעימנו של ראש הישיבה הדגול חכם שלום כהן זצ"ל. לצד גדלותו בתורה, הוא היה מנהיג רוחני שהוביל בענווה ובצניעות ציבור גדול וחשוב בישראל ובעולם היהודי. נפגשנו פעמים רבות, וצר לי שהשנה לא אזכה לקיים המסורת ולבקר אותו בסוכתו. בכל מפגש עימו ראיתי את האהבה והקשר העמוק שלו לירושלים, וכיצד הוא מקפיד להציב לנגד עיניו כל העת את העם והאדם. תנחומי לבני משפחתו, למפלגת ש״ס, לאוהביו ותלמידיו. יהי זכרו ברוך".
ראש הממשלה יאיר לפיד: "המנהיג הרוחני חכם שלום כהן הלך הלילה לעולמו. בשם ממשלת ישראל ועם ישראל כולו, אני שולח תנחומים למשפחתו, לתלמידיו ולכל מוקרי זכרו. כוחנו באחדות עם ישראל. ״בַּעַל הָרַחֲמִים יַסְתִּירֵהוּ בְּסֵתֶר כְּנָפָיו לְעוֹלָמִים, וְיִצְרֹר בִּצְרוֹר הַחַיִּים אֶת נִשְׁמָתוֹ״ יהי זכרו ברוך".
ראש הממשלה לשעבר בנימין נתניהו: "אני דואב עמוקות עם המוני בית ישראל על פטירתו של נשיא מועצת חכמי התורה, הגאון חכם שלום כהן זכר צדיק לברכה. הרב כהן היה מענקי התורה של דורנו. הייתה בו בקיאות אדירה בעולם התורה, לצד מנהיגות תורנית וחברתית שהשפיעה על המוני יהודים וישראלים. לאחר פטירתו של הראשון לציון הרב עובדיה יוסף זצ״ל המשיך הרב כהן את דרכו כנשיא מועצת חכמי התורה וכמגדלור הלכתי אליו הכל נשאו את עיניהם. הרב כהן היה תלמיד חכם עצום שלא הפסיק ללמוד וללמד, לשמור ולעשות. אהבת התורה פיעמה בו יחד עם אהבת העם. עם ישראל איבד פוסק הלכה, מורה דרך לרבים ושליח ציבור מן המעלה הראשונה. שר וגדול הסתלק מאיתנו. אני מוסר את תנחומיי הכנים למשפחתו. יהי זכרו ברוך".
שר הביטחון בני גנץ: "נִצְּחוּ אֶרְאֶלִּים אֶת הַמְּצוּקִים. צער עמוק על מותו של חכם שלום כהן זצוק״ל, נשיא מועצת חכמי התורה. משתתף יחד עם כל אזרחי ישראל בצער משפחתו, אוהביו ומאמיניו. כל בית ישראל יבכו את השריפה אשר שרף ה'".
יו"ר מפלגת העבודה, שרת התחבורה מרב מיכאלי: "פטירתו של חכם שלום כהן היא אבדן גדול מאוד לקהל שנשא עיניים אל הרב, שהיה עבורם מנהיג, מורה דרך והלכה. בשעה קשה זו אני משתתפת בצער המשפחה ובצערם של רבים בציבור החרדי. משרד התחבורה נערך לשינויי התנועה בעקבות הלוויה כדי לאפשר הגעה ולחלוק כבוד אחרון לרב. יהי זכרו ברוך".
סגן רה״מ ושר המשפטים גדעון סער בטוויטר: ״הצטערתי מאוד לשמוע על פטירתו של נשיא מועצת חכמי התורה הגאון חכם שלום כהן. מנהיג ענו וצנוע שיחסר במסירות הנפש שלו לעולם התורה ולעם ישראל. תנחומי מעומק לב למשפחתו ותלמידיו הרבים״.
יו״ר מפלגת הציונות הדתית ח״כ בצלאל סמוטריץ׳: "מצטער לפתוח את הבוקר עם הידיעה על הסתלקותו של ראש הישיבה חכם חיים שלום כהן זצוק"ל. לא זכיתי להכיר את הרב באופן אישי, אבל בשנים האחרונות שמעתי לא מעט מאריה דרעי על גדלותו בתורה, הרבצת התורה, הקפדתו על קלה כחמורה ומידותיו המיוחדות. משתתף בצערם של אלפי תלמידיו ושל חבריי בתנועת ש"ס".
יו"ר עוצמה יהודית, ח"כ איתמר בן גביר: "אבל כבד עוטף את העם היהודי, בארץ-הקודש ובתפוצות, עם היוודע דבר הבשורה המרה והקשה על פטירתו של ראש ישיבת פורת יוסף ונשיא מועצת חכמי התורה חכם חיים שלום כהן שהיה סמל ומופת לגאונות בתורה לצד חיי ענווה וצניעות. הרב יחסר לכולנו, עוד אבידה גדולה לדור שלנו. וכָּל בֵּית יִשְׂרָאֵל יִבְכּוּ אֶת הַשְּׂרֵפָה אֲשֶׁר שָׂרַף ה'. ברוך דיין האמת".
יו"ר מפלגת נעם ח"כ אבי מעוז: "יחד עם כל בית ישראל ועולם התורה, בוכים על השריפה אשר שרף ה', בהסתלקותו של מורנו ורבינו, מרן ראש הישיבה הכהן הגדול חכם שלום כהן. ברוך דיין האמת".
מפלגת הבית היהודי-המפד"ל מגיבה לפטירתו של חכם שלום כהן זצ"ל: "אנו משתתפים בצערם העמוק של משפחת חכם שלום כהן זצ"ל, תלמידיו וכלל מוקירי זכרו. הרב היה גדול בתורה ובאהבת ישראל. פטירתו היא אבדה גדולה לעם ישראל. יהי זכרו ברוך".
יו״ר ועדת הכלכלה ח״כ מיכאל ביטון (המחנה הממלכתי): "וכָּל בֵּית יִשְׂרָאֵל יִבְכּוּ אֶת הַשְּׂרֵפָה אֲשֶׁר שָׂרַף ה'. נשיא מועצת חכמי התורה וראש ישיבת פורת יוסף חכם שלום כהן זצ"ל היה מנהיג תורני חשוב בעם ישראל שגידל וטיפח אלפי תלמידים תוך ענווה וצניעות. יחד עם כל בית ישראל אני משתתף בצער תלמידיו ושולח תנחומים למשפחתו. ברוך דיין האמת".
השר לשירותי דת לשעבר, ח״כ מתן כהנא: "ברוך דיין האמת. הצטערתי מאוד לשמוע הבוקר על הסתלקותו של נשיא מועצת חכמי התורה, הגאון חכם שלום כהן זצ"ל. הרב כהן היה מגדולי ענקי התורה בדורנו שרבים מהם יצאו מישיבת 'פורת יוסף' אשר השפיעו רבות על העולם היהודי, גידלו דורות של תלמידי חכמים וחיברו אלפים ורבבות ליהדות, לתורה ולמצוות".
מוזיאון גוש קטיף בירושלים מבכה את לכתו של אחד מענקי דורנו חכם שלום כהן זצ"ל נשיא מועצת חכמי התורה. קשה סילוקם של צדיקים כשריפת בית אלוקינו. זכורה לכולנו המהלך שהוביל יחד עם מרן הרב עובדיה יוסף זצ"ל נגד ממשלת שרון ותוכנית הגירוש מגוש קטיף וצפון השומרון. וכל בית ישראל יבכו את השריפה אשר שרף ה'.
ברוך דיין האמת.
אבד צדיק מהעולם.
עם ישראל נשאר ללא רועה.
ללא מנהיג.
ללא שומר.
יתומים נהיינו ונשארנו בלי אב.
וכל עם ישראל יבכו את השריפה אשר שרף השם.
ריבונו של עולם,
עם ישראל רוצה מלך המשיח עוד היום.
מסתבר שכל נשמות ישראל מאוחדות אחת עם השנייה.
כולם קדושים וטהורים ופשוט אחינו התועים הם תינוקות שנשבו, ושיזכו לתשובה שלמה.
יפה לראות שכולם מצטערים על מותו של נשיא חכמי מועצת התורה זצוק"ל
מתן כהנא מגיב…כמה צער ועגמ”נ הסב לחכם שלום זצ”ל? בושה האיש.