לאחר טענות מצד עיתונים בחו"ל כי צה"ל לא הצליח להוכיח את העובדה שחמאס עשה שימוש צבאי אסור בבית החולים שיפאא', וכי הממצאים שצה"ל חשף מצביעים ק על פעילות בעבר שייתכן כי לא הייתה פעילה בשעת המלחמה. היום מתברר כי סוכנויות הביון האמריקניות סבורות שחמאס והג'יהאד האיסלאמי השתמשו בבית החולים שיפא שבעיר עזה כמפקדה צבאית וכאתר להחזקת חטופים. כך עולה ממסמכי מודיעין שעל קיומם פרסם "ניו יורק טיימס", לאחר שהוסר מהם הסיווג הביטחוני.
גורם בכיר בקהיליית המודיעין האמריקנית אמר לעיתון כי ממשל ביידן סבור ש"חמאס השתמש במתקנים של בית החולים ובאתרים שמתחת לאדמה לטובת ניהול פעילויות של מרכז ושליטה, אחסון כלי נשק והחזקת לפחות כמה חטופים". הוא הוסיף כי סוכנויות הביון מחזיקות במידע שלפיו המחבלים התפנו משיפא ימים ספורים לפני שצה"ל פתח בפעילות הנרחבת במקום בנובמבר. בנוסף, תוך כדי עזיבת המקום, המחבלים השמידו מסמכים וציוד אלקטרוני בניסיון להעלים ראיות.
עד כה, הבית הלבן גיבה את טענותיה של ישראל על כך שבית החולים תפקד כמפקדת טרור, וב-14 בנובמבר אמר דובר המועצה לביטחון לאומי ג'ון קירבי כי "יש בידנו מידע המאשר כי חמאס משתמש בבית החולים המדובר כמרכז פיקוד ושליטה". עם זאת, המודיעין האמריקני לא חלק את המידע שברשותו עד עתה.
בשבועות שאחרי המבצע המעמיק של צה"ל בבית החולים, במסגרתו נחשפו תשתיות טרור רבות, לרבות פירים ומנהרות, הועלו לא מעט שאלות וספקות בנוגע להימצאות של חמאס בבית החולים. ארגוני בריאות וסיוע הומניטרי ביקרו את המבצע, וצוות מטעם ארגון הבריאות העולמי שביקר בשיפא לאחר עזיבת צה"ל כינה את המקום "אזור מוות". עיקר הביקורת נגעה לכך שלפני הפשיטה ישראל הציגה את שיפא כמפקדה מרכזית של חמאס, ובפועל לא נמצאו בו חטופים או מפקדות פעילות.
כעת, הערכת המודיעין האמריקני מאשרת את טענותיה של ישראל, שלפיהן חמאס והג'יהאד האיסלאמי פיקדו על כוחותיהם מבית החולים – ועזבו כאמור לפני הפשיטה. למרות העובדה שסוכנויות הביון לא צירפו תמונות או סרטונים בתור גיבוי, גורם אמריקני רשמי אמר כי אנשיהן משוכנעים בנכונות ההערכות, מאחר שהן מבוססות על מידע שנאסף על ידי גורמי מודיעין של ישראל וארה"ב באופן עצמאי ונפרד.
לפי ההערכה המעודכנת של המודיעין האמריקני, ישראל צדקה לפחות באופן חלקי כשהעריכה שמספר מסוים של חטופים הוחזקו מתחת למתקני שיפא. עם זאת, נראה כי הם הועברו משם במהלך הפינוי של מחבלי חמאס.
צה"ל פעל משלב מוקדם במלחמה להוכיח כי בבית החולים שיפא מתקיימת פעילות טרור, מעל ומתחת האדמה. בין השאר נחשפה והושמדה מנהרה תת קרקעית מתחת לבית החולים.
במתחם נמצא גם אמל"ח רב ואף ציוד אישי השייך לחטופים. במבנים שנמצאים ליד בית החולים אותרו גופותיהן של יהודית וייס ז"ל ושל החיילת נועה מרציאנו ז"ל שנחטפו בשמחת תורה ונרצחו בעזה. דו"ח פתולוגי מצא כי מרציאנו נרצחה בשטח בית החולים. אחרי שהצטברו ראיות ועדויות על השימוש בבית החולים כמרכז טרור, צה"ל עצר את מנהל בית החולים מוחמד אבו סלמיה.
כמו"כ בהמשך פעל צה"ל בשיטת פעולה דומה בעוד בתי חולים ברצועה, מנהל בית החולים אף הודה בחקירתו בשב"כ כי הוא עצמו פעיל חמאס, וכי בית החולים העניק מחסה לפעילות הטרור של חמאס.
עוד נחשף כי בכירי חמאס, נהגו לנוע מתחת לפני הקרקע גם במהלך הלחימה, והסתייעו במערכת מנהרות שהגיעה מבתיהם עד למתחת בית החולים, ומשם יצאו באמצעות אמבולנסים של חמאס שגם הם מוגנים מפני תקיפות לכל נקודה שרצו.
ישראל בריקוד ה'מה יפית' שלה במשך כמה ימים מול שיפא, נתנה לכולם זמן לברוח ולרוקן את הפעולה מתוכן.