בצל הגשת מועמדותו של מנכ"ל הרבנות הראשית יהודה כהן לתפקיד מ"מ נציב המדינה על ידי נתניהו, בכאן 11 פורסם כי שר הדתות מיכאל מלכיאלי דרש מהנציבות להדיח במהלך השנה האחרונה את כהן מתפקידו ברבנות בגלל ״ניהול כושל״.
על פי הפרסומים, בעקבות הדרישה להדיחו, נערכה ליהודה כהן שיחת נזיפה ואזהרה אצל הנציב לשעבר הרשקוביץ.
בנוסף מתנהלת חקירה כנגדו, בחשד שמנכ״ל הרבנות הפר על בסיס קבוע הנחיות משפטיות שקיבל. קיים גם חשד לתביעה אזרחית נגדו שהמדינה הפסידה בה בגלל שאסר על עובדים לספק מידע בסיסי. כהן נחשד בהתעמרות בעובדים ופגיעה בעבודת הרבנות. החקירה מצויה בשלב של השלמה אחרי שנמצא בסיס ראשוני לחדשות נגד כהן.
בדו"ח מבקר עיריית נתניה לשנת 2015 נמתחה ביקורת חריפה על התנהלותה של המועצה הדתית נתניה בראשותו. המבקר ביקש את התערבות משרדי הממשלה, וכתב כי בחלק מההאשמות ישנו חשש לעבירות פליליות. כהן נחקר, אך תיק החקירה נסגר.
על פי הפרסום בכאן 11, נתניהו לא התייעץ עם שר הדתות, השר הממונה על מנכ״ל הרבנות, לפני ההודעה על מינויו לתפקיד. המינוי בוצע ״מאחורי הגב" של השר, שקיבל הודעה בסמוך לפרסום המינוי בתקשורת.
